Research

Presentación

La Unidad de Genómica Clínica (UGC) forma parte del Servicio de Genética del Hospital Germans Trias (HUGTiP) del Área Metropolitana Norte de Barcelona. El grupo de investigación tiene varias responsabilidades importantes, entre ellas brindar diagnóstico y seguimiento a los pacientes con enfermedades hereditarias, brindar asesoramiento genético a los pacientes y a sus familiares, y realizar pruebas genéticas para determinar la causa genética de estas enfermedades. El grupo se dedica a mejorar la atención al paciente teniendo en cuenta todos los aspectos de la atención al paciente: emocionales, sociales, religiosos y físicos.

El grupo también se centra en aumentar la rentabilidad de las pruebas genéticas y ampliar sus conocimientos sobre las bases genéticas de diversas enfermedades, tanto monogénicas como poligénicas. A fin de lograr este objetivo, están desarrollando de manera activa nuevas técnicas genómicas para analizar las variantes somáticas y de la línea germinal tanto en el ARN como en el ADN, y también están poniendo en práctica una nueva tecnología para el genotipado masivo a fin de establecer nuevas puntuaciones de riesgo poligénico. Además, el grupo está participando en el desarrollo de nuevos métodos para determinar la presencia y concentración de biomarcadores farmacogenómicos establecidos mediante la participación en PHARMA-IMPCAT y la creación de la Unidad de Farmacogenómica en el HUGTiP.

Además, el grupo es miembro del Centro de Referencia Español (CSUR) para pacientes adultos con facomatosis (neurofibromatosis, schwannomatosis, esclerosis tuberosa y enfermedades de Von-Hippel Lindau), que forma parte de GENTURIS, una Red Europea de Referencia (RER). El grupo está trabajando en el desarrollo de estrategias de medicina personalizada para este grupo de pacientes y en el desarrollo de nuevas directrices clínicas que también tengan en cuenta las necesidades emocionales y sociales de estos pacientes. También están descubriendo nuevos biomarcadores pronósticos y estableciendo el papel de las alteraciones genómicas en el desarrollo de lesiones asociadas a estas enfermedades, así como poniendo en práctica diversas estrategias de terapia génica para curar estas enfermedades.

Palabras clave: neurofibromatosis, schwannomatosis, pruebas genéticas, genómica clínica, genética clínica, terapia génica, facomatosis, enfermedades raras.

Clinical Genomics Research

Líder/es de grupo

  • Ignacio Blanco Guillermo

    Ignacio Blanco Guillermo

    Ignacio Blanco es el coordinador de una CSUR (unidad de referencia) del Sistema Nacional de Salud y el coordinador nacional de la European Network of Reference Centers (ERN) GENTURIS, una red para todos los pacientes con alguno de los síndromes raros de predisposición genética al desarrollo de tumores (GENTURIS). Además, es miembro del Comité Asesor en Enfermedades Minoritarias (CAMM) del Gobierno de Cataluña y asesor del Ministerio de Sanidad en el área de Genética.

    Contacto: iblanco.germanstrias(ELIMINAR)@gencat.cat
    ORCID: 0000-0002-7414-7481

    Biografía ampliada (narrada por el Dr. Blanco):

    En 2009, me incorporé al Instituto de Investigación Germans Trias i Pujol (IGTP) para encargarme de la actividad de diagnóstico genético del programa de Cáncer Hereditario. Desde 2015, soy el coordinador de diagnóstico genético en el Centro de Referencia Español (CSUR) en Facomatosis. En los últimos años, nuestro grupo se ha incorporado a GENTURIS (Red Europea de Referencia en síndromes de riesgo tumoral genético raro) y ha sido reconocido como grupo consolidado de Neurofibromatosis por la Generalitat de Cataluña (SGR2018, SGR2022). También participo en el programa XIGENICS del Instituto Catalán de la Salud y colaboro estrechamente con el Instituto Catalán de Oncología (ICO) y la Dra. Lázaro.

    Durante el periodo 2009-2019, desarrollé toda mi actividad de diagnóstico, innovación e investigación dentro del Grupo de Cáncer Hereditario, liderado por la Dra. Serra. En 2019, me trasladé al Hospital Universitario Germans Trias i Pujol (HUGTP) para coordinar la Unidad de Genómica Clínica y fui reconocido como investigador principal emergente en el IGTP. Desde entonces, se ha establecido una actividad de investigación translacional centrada en pacientes de la CSUR. Como resultado, se han publicado varios trabajos: 1) usamos por primera vez oligonucleótidos antisentido como una posible estrategia terapéutica para pacientes con NF2 (PMID: 23188051, 36420221); 2) profundizamos en el uso de técnicas genómicas para realizar diagnósticos diferenciales de Neurofibromatosis (PMID: 25739810) y mejorar el asesoramiento genético (PMID: 35121649); 3) estudiamos la patogénesis molecular de las placas cutáneas de NF2, útil para establecer un diagnóstico precoz (PMID: 29322178, 35490384); y 4) hemos mejorado la escala de riesgo genético de NF2 publicada por el centro de referencia del Reino Unido (Halliday 2017) para predecir el pronóstico de pacientes con variantes de splicing y mosaicismo (PMID: 34348961).

    En el área de innovación, desarrollé, validé e implementé en la actividad diagnóstica de rutina un panel NGS personalizado de 135 genes de cáncer hereditario, el I2HCP (PMID: 28051113), y también para diagnosticar genéticamente las Rasopatías y síndromes relacionados (PMID: 31573083). Este desarrollo transformó tecnológicamente las dos unidades de diagnóstico genético donde se ha implementado (HUGTP e ICO) y nos permitió unir fuerzas para homogeneizar las técnicas usadas en otros centros, como el Hospital Universitario Vall d'Hebron.

    Actualmente, más de 8000 pacientes visitados en el ICO o en nuestro centro han sido diagnosticados genéticamente con este desarrollo tecnológico. Además, he colaborado en la búsqueda de nuevos genes asociados a Schwannomatosis (PMID: 34747535) o nuevos métodos de análisis genómico para mejorar las pruebas genéticas (PMID: 35569879, 32561899, 33983414, 36818284).

    Gracias a mi experiencia en pruebas genéticas de la Neurofibromatosis y trastornos relacionados, actualmente codirijo con el Dr. Plotkin (MGH, EE.UU.) el grupo de expertos del ClinGen-NIH para la curación de variantes de este grupo de enfermedades (NF-SWN VCEP) y también coordino el consorcio internacional EURONET-NF para mejorar el diagnóstico molecular de este grupo de trastornos.

    Finalmente, con la intención de generar un modelo celular de NF2 no perecedero para probar las diferentes estrategias terapéuticas desarrolladas en el laboratorio, hemos generado células iPSC con la variante germinal y somática (NF2(-/-)) (Catasús et al., en revisión) y hemos colaborado en la generación de iPSC de NF1 (PMID: 35172160, 30713041).

    En los últimos 5 años, 4 de los cuales como investigador principal asociado en el Instituto de Investigación Germans Trias i Pujol (IGTP), he conseguido financiación para desarrollar diferentes líneas de investigación y liderar los consorcios mencionados mediante proyectos competitivos a nivel regional, nacional e internacional y de diversas asociaciones de pacientes, por un valor total superior a los 2.300.000€. Participamos en los programas del ISCIII "Data Science Program IMPaCT-Data, convocatoria 2021" y "iPHARMGx", convocatoria 2022. Además, obtuve financiación para contratar a una doctoranda, Núria Catasús, que defendió su tesis en mayo de 2022, y estoy a cargo de la formación en genética de residentes clínicos en el HUGTP.

    También hemos difundido este trabajo y otros logros científicos a través de noticias en la web del instituto de investigación, conferencias de divulgación científica en nuestro centro, así como colaboraciones regulares con asociaciones de pacientes, principalmente la Asociación de Pacientes con Neurofibromatosis (AANF) y la Children's Tumour Foundation (CTF) en las conferencias que organizan.

  • Elisabeth Castellanos Pérez

    Elisabeth Castellanos Pérez

    Elisabeth Castellanos codirige, junto a Scott Plotkin (Massachusetts General Hospital, EE. UU.), el Neurofibromatoses and Schwannomatosis Variant Curation Expert Panel (NF-SWN VCEP) en ClinGen-NIH, con el objetivo de establecer guías clínicas para clasificar variantes genéticas de estas enfermedades. El panel ha sido financiado por National Institutes of Health (NIH) mediante una subvención U24. Castellanos también coordina el consorcio internacional EURONET-NF, cuyo objetivo es mejorar las pruebas diagnósticas moleculares para este grupo de trastornos. Colabora estrechamente con la Children's Tumor Foundation (CTF) y fue invitada como copresidenta de sesión en la Conferencia NF de la CTF 2023 en Scottsdale, EE. UU., para actualizar los avances del NF-SWN VCEP y también a la 2024 NF Global Conference para presidir una sesión sobre terapia génica. En 2023, Castellanos renovó su beca P-FIS y obtuvo una beca Sara Borrell para el periodo 2024-2026. Finalmente, colabora con Plotkin para desarrollar nuevas terapias genéticas para la neurofibromatosis tipo 2.

    Contacto: Ecastellanosp.germanstrias(ELIMINAR)@gencat.cat
    ORCID: 0000-0002-8133-5325

     

Líneas de investigación

  • Aumento de la rentabilidad económica de las pruebas genéticas y de nuestro conocimiento sobre la base genética de algunas enfermedades (principalmente enfermedades hereditarias con predisposición al desarrollo de tumores, así como enfermedades renales).
  • Desarrollo de medicina personalizada para pacientes con neurofibromatosis y schwannomatosis, que incluye el descubrimiento de nuevos biomarcadores pronósticos, la comprensión del papel de las alteraciones genómicas de los pacientes en el desarrollo de lesiones asociadas a la enfermedad y la implementación de diferentes estrategias de terapia génica como tratamiento potencial para este grupo de enfermedades.
  • Mejora de la gestión de pacientes con facomatosis, teniendo en cuenta no solo el diagnóstico clínico, sino también las dimensiones emocionales, sociales, religiosas y físicas que podrían afectar a los pacientes con estas enfermedades raras.
  • Desarrollo de estrategias para evaluar la susceptibilidad genética individual a enfermedades.

Proyectos activos

EURONET- NF: European Network for improved molecular diagnostics of the NeuroFibromatoses - schwannomatoses and related disorders

PI: Elisabeth Castellanos
Funding agency: European Joint Program for Rare Diseases (EJP -RD) a través de "Proyectos de colaboración internacional" del Instituto de Salud Carlos III (AC22/00033)
Agency code: EJPRD22-084
Duration: 01/06/2023 - 31/05/2026

Developing NF2 iPSC-cell models for the use of antisense oligonucleotides as a personalized therapy for Neurofibromatosis Type 2 patients

PI: Elisabeth Castellanos
Funding agency: Children's Tumor Foundation
Agency code: CTF-2022-05-005
Duration: 01/02/2023 - 31/01/2024

Suppression of NF1 Nonsense Mutations by RNA-guided RNA Pseudouridylation

PI: Elisabeth Castellanos, Yi Tao, Conxi Lazaro, Pedro Marais
Funding agency: Gilbert Family Foundation
Duration: 01/01/2022 - 31/12/2024

Plataforma de medicina de precisió, una eina necessària per la transformació del procés assistencial

PI: Ignacio Blanco
Funding agency: HUGTP
Duration: 01/01/2023 - 31/12/2026

Desarrollo de una estrategia de medicina personalizada para la NF2-SWN: mejora del diagnóstico genético, y evaluación de terapias génicas a nivel de RNA en un modelo de iPSCs de schwannomas

PI: Elisabeth Castellanos
Funding agency: Instituto de Salud Carlos III (ISCIII)
Agency code: PI23/00412
Duration: 01/01/2024 - 31/12/2026

Mejora del diagnóstico genético del cáncer hereditario y enfermedades hereditarias con predisposición a desarrollar tumores

PI: Elisabeth Castellanos
Funding agency: Instituto de Salud Carlos III (ISCIII)
Agency code: CD23/00038
Duration: 01/01/2024 - 31/12/2026

Genomic epidemiology of SARS-CoV-2 in Catalonia: virological vigilance and control of outbreaks

PI: Marc Noguera Julián, Elisa Martró Català
Agency code: 1162/U/2021
Duration: 01/06/2021 - 31/05/2024

A patient centered research: awareness of patientsneeds, clinical phenotyping and molecular pathogenesis in Neurofibromatosis type 2

PI: Elisabeth Castellanos
Funding agency: Fundació La Marató de TV3
Agency code: P126/C/2020
Duration: 01/04/2021 - 31/03/2024

The human genetic and immunological determinants of the clinical manifestations of SARS-CoV-2 infection: Towards personalised medicine

PI: UNDINE Consortium; Collaborator: Ignacio Blanco
Funding agency: Horizon Europe
Duration: 01/09/2022 - 31/12/2026

Consolidation of WGS and RT-PCR activities for SARS-CoV-2 in Spain towards sustainable use and integration of enhanced infrastructure and processes in the RELECOV network

PI: Inmaculada Casas; Collaborator: Ignacio Blanco
Duration: 01/01/2023 - 31/12/2026

Proyecto iPHARMGx: Estudio colaborativo nacional para evaluar la efectividad y eficiencia de la implementación de biomarcadores farmacogenéticos mediante una estrategia de genotipado anticipado en el SNS

PI: Alberto M Borobia Perez
Funding agency: Instituto de Salud Carlos III (ISCIII)
Agency code: iPHARMGx
Duration: 01/01/2023 - 31/12/2025

Grups de Recerca Reconeguts per la Generalitat de Catalunya, GRC (Grup de Recerca Consolidat)

PI: Ignacio Blanco
Funding agency: Generalitat de Catalunya
Agency code: 2022 SGR 967
Duration: 01/01/2023 - 31/12/2025

Past projects

Desarrollo de una estrategia de medicina personalizada para la NF2: mejora del diagnóstico genético, la evaluación de la calidad de vida y generación de un modelo de schwannomas a partir de iPSCs

PI: Elisabeth Castellanos, Ignacio Blanco
Funding agency: Instituto de Salud Carlos III (ISCIII)
Agency code: PI20/00215
Start date: 01/01/2021
End date: 31/12/2023

NF Variant Curation Expert Panel (VCEP)

PI: Elisabeth Castellanos
Funding agency: National Institutes of Health (NIH) ClinGen Variant Curation Expert Panel (VCEP)
Start date: 27/12/2021
End date: 30/12/2023

Programa de Ciencia de Datos (IMPaCT-Data), Infraestructura de Medicina de Precisión asociada a la Ciencia y Tecnología (IMPaCT)

PI: Alfonso Valencia Herrera
Funding agency: Alliance for Education Solutions (AES)
Agency code: PI20/00215
Start date: 01/01/2021
End date: 31/12/2023

Publicaciones científicas

Publicaciones destacadas

Catasús N, Rosas I, Bonache S, Negro A, Torres-Martin M, Plana-Pla A, Salvador H, Serra E, Blanco I, Castellanos E. Antisense oligonucleotides targeting exon 11 are able to partially rescue the NF2-related schwannomatosis phenotype in vitroMol Ther Nucleic Acids. 2022 Dec 13;30:493-505. DOI: 10.1016/j.omtn.2022.10.026.

Garcia B, Catasus N, Ros A, Rosas I, Negro A, Guerrero-Murillo M, Valero AM, Duat-Rodriguez A, Becerra JL, Bonache S, Lázaro Garcia C, Comas C, Bielsa I, Serra E, Hernández-Chico C, Martin Y, Castellanos E, Blanco I. Neurofibromatosis type 1 families with first-degree relatives harbouring distinct NF1 pathogenic variants. Genetic counselling and familial diagnosis: what should be offered?J Med Genet. 2022 Oct;59(10):1017-1023. DOI: 10.1136/jmedgenet-2021-108301.

Catasús N, Garcia B, Galván-Femenía I, Plana A, Negro A, Rosas I, Ros A, Amilibia E, Becerra JL, Hostalot C, Rocaribas F, Bielsa I, Lazaro Garcia C, de Cid R, Serra E, Blanco I, Castellanos E. Revisiting the UK Genetic Severity Score for NF2: a proposal for the addition of a functional genetic componentJ Med Genet. 2022 Jul;59(7):678-686. DOI: 10.1136/jmedgenet-2020-107548.

Castellanos E, Rosas I, Negro A, Gel B, Alibés A, Baena N, Pineda M, Pi G, Pintos G, Salvador H, Lázaro C, Blanco I, Vilageliu L, Brems H, Grinberg D, Legius E, Serra E. Mutational spectrum by phenotype: panel-based NGS testing of patients with clinical suspicion of RASopathy and children with multiple café-au-lait maculesClin Genet. 2020 Feb;97(2):264-275. DOI: 10.1111/cge.13649

Castellanos E, Plana A, Carrato C, Carrió M, Rosas I, Amilibia E, Roca-Ribas F, Hostalot C, Castillo A, Ros A, Quer A, Becerra JL, Salvador H, Lázaro C, Blanco I, Serra E, Bielsa I. Early Genetic Diagnosis of Neurofibromatosis Type 2 From Skin Plaque Plexiform Schwannomas in ChildhoodJAMA Dermatol. 2018 Mar 1;154(3):341-346. DOI: 10.1001/jamadermatol.2017.5464.

TODAS LAS PUBLICACIONES

Información adicional

Redes colaborativas

  • CSUR de Facomatosis ICO-HGTP-IGTP. El Dr. Blanco es el coordinador de un Centro de Referencia del Sistema Nacional de Salud.
  • European Network of Reference Centers (ERN) GENTURIS (síndromes con predisposición a tumores minoritarios).
  • NF-EURONET: Red europea para mejorar las pruebas genéticas para neurofibromatosis, schwannomatosis y síndromes relacionados.
  • Neurofibromatosis and Schwannomatosis Variant Curation Expert Panel (NF_SWN VCEP): Red internacional reconocida por el National Health Institute (NIH) - Programa ClinGen para establecer criterios de clasificación ACMG/AMP específicos de genes para estas enfermedades.
  • Grup de Recerca en Neurofibromatosis (GRNF) 2021 SGR 00967: Grupo de Investigación Multidisciplinar en Neurofibromatosis reconocido por la Generalitat de Cataluña.
  • XIGENICS: Red de genética integral del Institut Català de la Salut para implementar la medicina genómica en los hospitales del ICS.
  • Can Ruti COVID sequencing HUB: Red HGTP-IGTP-IrsiCaixa para caracterizar variantes de SARS-2-Covid detectadas en la población.
  • Children's Tumor Foundation Europe (CTF-Europe): La misión de la Children's Tumor Foundation Europe es impulsar la investigación, ampliar el conocimiento y mejorar la atención para la comunidad NF.

Socios nacionales e internacionales

  • Scott Plotkin, MD, PhD en el Massachusetts General Hospital para participar en enfoques de terapia génica para NF2.
  • Dr. Piotrowski en la Medical University of Gdanskv: caracterización de Schwannomas y descubrimiento de nuevos genes que induzcan este tipo de tumores.
  • Dr. Lázaro en el Programa de Cáncer Hereditario del Instituto Catalán de Oncología (ICO) para mejorar las herramientas de diagnóstico genético y la investigación en NF, así como proyectos de investigación conjuntos.
  • Dr. Jordi Llorens, en la Facultad de Medicina y Ciencias de la Salud (UB), junto con el Servicio de Otorrinolaringología del HUGTiP para estudiar la patogénesis de los Schwannomas vestibulares y la pérdida auditiva.
  • Grupo de Neurofibromatosis de Barcelona (BCN_NF Group). El grupo está compuesto por diferentes grupos que colaboran en el campo de las Neurofibromatosis: el grupo de la Dra. Conxi Lázaro, que inició el primer grupo NF a mediados de los años 90; el grupo del Dr. Serra (Grupo de Cáncer Hereditario en el IGTP) con amplia experiencia en el estudio de la contribución de las variantes somáticas en el desarrollo de tumores NF y también en el desarrollo de modelos basados en iPSC para estudiar las NF; el grupo de la Dra. Cleofé Romagosa (Departamento de Patología, Hospital Vall d'Hebron), patóloga especialista en sarcomas y experta en tumores del SNP asociados a las NF, y nuestro grupo.

Comités y consejos asesores

El Dr. Blanco es miembro del consejo asesor de:

  • Asociación Española de Afectados por la Neurofibromatosis (AENF)
  • Associació Catalana de Neurofibromatosi (AcNefi)
  • Consejo Asesor de Enfermedades Minoritarias del Departamento de Salud de la Generalitat de Catalunya
  • Consejo Asesor de la Comisión Nacional de Reproducción Humana Asistida (CNRHA)
  • Comité Asesor de la Federación Española de Enfermedades Raras (FEDER)
  • Asesor del Ministerio de Sanidad de España en el área de Genética

Tesis doctorales

Title: Refining prognosis capacity and implementing principles of personalized therapies for Neurofibromatosis type 2
Author: Núria Catasús Segura
University: Universitat de Barcelona
Date of defense: 31/05/2022
Qualification: Cum Laude

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