Un nou estudi amb la cohort GCAT analitza els trets pigmentaris i la seva relació amb les malalties

Investigadors del projecte GCAT'Genomes for Life de l'IGTP han analitzat la base genètica de 13 trets pigmentaris i la seva associació amb malalties. El treball s'ha publicat aquest mes a la revista Genes.

Els trets pigmentaris, determinats genèticament, han estat estudiats en gran part per GWAS sobretot en cohorts d'ascendència caucàsica del nord d'Europa. No obstant, hi ha una manca d'informació notable a la població del sud d'Europa. Entendre les bases genètiques de l'adaptació del color de la pell en diferents poblacions té moltes implicacions per a l'evolució humana i també en la pràctica de la medicina.

Mitjançant la cohort del GCAT, Xavier Farré i Natalia Blay, els dos primers autors de l'estudi, juntament amb Betty Cortés, han construït una estratègia d'anàlisi integral que ha conduït a la identificació de malalties associades a trets pigmentaris en un total de prop de 20.000 subjectes catalans, explorant un total de 177 CIE-9 diagnòstics. Complementàriament, l'anàlisi del genoma analitzant més de 10 milions de variants, incloses variants estructurals, utilitzant Polygenic Risk Scores, va revelar la genètica compartida entre malalties i determinants de la pigmentació, i es va identificar dos nous gens implicats en el color de la pell.

“Hem observat que un fototip de pell clara està fortament associat amb el càncer de pell no melanoma i altres dermatosis. A més, es va confirmar mitjançant l'aproximació de PRS la base genètica comuna amb algunes malalties de la pell i els ulls, com ara el melanoma, el càncer de pell no melanoma i el carcinoma basocel·lular. Tanmateix, un fototip més fosc es va veure associat a  una major prevalença de vitiligen i cataractes. L'estudi també va identificar un vincle amb  malalties comunes com l'obesitat i la hipertensió” explica Rafael de Cid, autor principal de l’estudi. 

Les anàlisis genètiques van revelar 37 loci de risc associats amb la majoria de trets pigmentaris, dels quals 16 gens van associats significativament amb almenys dos trets. Alguns d'ells àmpliament confirmats, com ara MC1R, HERC2, OCA2, TYR, TYRP1, SLC45A2 i la identificació de tres nous candidats C1QTNF3, C1QTNF3-AMACR i LINC02876, amb un important potencial regulador: un long-RNA no codificant (LINC02876) i un non-mediated-decay RNA (NMD) (C1QTNF3-AMACR) que defineix un putatiu hotspot de regulació dels trets pigmentaris.

Aquest estudi revela la base genètica dels trets pigmentaris a la cohort GCAT, sent  fins el moment la població sud-europea més gran analitzada, ampliant el treball anterior realitzat principalment en cohorts d'ascendència caucàsica del nord d'Europa i incloent un espectre més ampli de malalties que els estudis anteriors. "Els nostres resultats posen de manifest la importància d'incorporar informació poblacional per adaptar els enfocaments d'atenció personalitzada per gestionar el risc diferencial en la població general, sent de gran importància en les poblacions mixtes modernes. La genètica del color de la pell, com a indicador de la funcionalitat de la pell, podria ajudar a la detecció de malalties en poblacions mixtes", diu de Cid.

Les investigacions posteriors sobre cohorts multi-ascendència podran extreure conclusions definitives sobre l'associació entre les característiques pigmentàries i la prevalença de malalties en diferents poblacions.

Referència

Farré X, Blay N, Cortés B, Carreras A, Iraola-Guzmán S, de Cid R. Skin Phototype and Disease: A Comprehensive Genetic Approach to Pigmentary Traits Pleiotropy Using PRS in the GCAT Cohort. Genes (Basel). 2023 Jan 5;14(1):149. DOI: 10.3390/genes14010149. PMID: 36672889; PMCID: PMC9859115.