Presentació
Aquest grup de recerca estudia tumors del sistema nerviós perifèric, altres tumors originats en la cresta neural i sarcomes relacionats. Molts d'aquests tumors es formen en pacients que presenten malalties genètiques amb predisposició al càncer, com la neurofibromatosi de tipus 1 o el retinoblastoma hereditari, però també es donen altres casos.
Les competències del grup són les anàlisis genòmiques i de biologia integrativa d'aquests tumors i la generació de nous models in vitro/in vivo per a establir la seva patogènia molecular i identificar nous tractaments per a traslladar tots aquests coneixements a la pràctica clínica. L'equip recopila informació genòmica i epigenòmica de diferents tipus, seqüenciació del genoma complet, seqüenciació de l'ARN, etc., de teixits tumorals, models multicel·lulars i unicel·lulars, i integra totes aquestes dades mitjançant una anàlisi bioinformàtica exhaustiva i detallada. Aquesta informació fa possible el desenvolupament de noves idees i hipòtesis que es poden avaluar experimentalment en cèl·lules primàries i models cel·lulars, tant in vitro com in vivo, En particular, mitjançant iPSC i models en 3D de cèl·lules de la cresta neural.
El grup de recerca també desenvolupa anàlisis genòmiques per a facilitar l'atenció sanitària a pacients amb un risc elevat de desenvolupar tumors, per exemple, mitjançant seqüenciació de lectures llargues aplicada a biòpsies mínimes o líquides. El grup forma part del programa CARE de l'IGTP i participa en el Centre de Referència de Facomatosi (CSUR) de l'HGTiP-ICO. Aquest centre manté una estreta col·laboració amb diferents associacions de pacients regionals i internacionals.
Paraules clau: tumors del sistema nerviós perifèric, neurofibroma, tumors malignes de la beina del nervi perifèric, sarcomes de parts toves, neurofibromatosi de tipus 1, genòmica, iPSC, models en 3D, cresta neural.
Líder/s de grup
- Eduard Serra Arenas, PhD
Eduard Serra Arenas, PhD
Eduard Serra és doctor en biologia per la Universitat de Barcelona (2001). Va realitzar formació postdoctoral al Molecular Sciences Institute a Berkeley, CA (EUA), del 2001 al 2004, i al Centre de Genètica Molecular i Mèdica-IDIBELL, Barcelona, del 2005 al 2006. El 2006 va obtenir un contracte d'investigador del FIS i va iniciar el seu grup de recerca centrat en les neurofibromatosis i el càncer hereditari. El 2009 es va unir a l'Institut de Medicina Predictiva i Personalitzada del Càncer (IMPPC, que es va convertir en IGTP el 2016).
La recerca del laboratori del Dr. Serra se centra en l'estudi de tumors associats amb la NF1, particularment aquells que es desenvolupen al sistema nerviós perifèric (SNP), estudiant el seu desenvolupament, composició, progressió i possibles teràpies i gestió. Els nivells d'estudi inclouen l'anàlisi genòmica i de biologia integrativa i la generació i ús de models cel·lulars, incloent-hi cèl·lules mare pluripotents induïdes derivades de pacients (iPSC).
Contacte: eserra(ELIMINAR)@igtp.cat
ORCID: 0000-0003-2895-9857Bernat Gel, líder de grup emergent
Bernat Gel és informàtic de formació amb un màster en Computació d'Altes Prestacions. Treballant com a bioinformàtic i científic de dades en recerca del càncer des del 2006, el 2014 va obtenir el doctorat en Bioinformàtica a la Universitat Politècnica de Catalunya. Treballa a l'IGTP (i a l'antic IMPPC) des del 2011, liderant les tasques de bioinformàtica i anàlisi de dades del Grup de Càncer Hereditari.
Bernat és el líder de grup emergent del grup de Genòmica Translacional i Bioinformàtica del Càncer. El grup integra genòmica d'alt rendiment, anàlisi de cèl·lula única i noves tecnologies de seqüenciació de lectures llargues amb un clar enfocament translacional per desenvolupar noves eines i estratègies per al diagnòstic i la gestió de múltiples tumors rars. Actualment, el laboratori treballa en tumors del sistema nerviós perifèric relacionats amb la NF1, altres sarcomes de teixits tous i alguns tumors pediàtrics.
Contacte: bgel(ELIMINAR)@igtp.cat
ORCID: 0000-0001-8878-349X
Equip
Líder de grup emergent, bioinformàtic
Bernat Gel Moreno, PhD(ELIMINAR)
Investigadora associada
Meritxell Carrió Llach, PhD(ELIMINAR)
Investigadora de postdoctorat, bioinformàtica
Miriam Magallón Gallego, PhD(ELIMINAR)
Investigadora de postdoctorat
Helena Mazuelas Gallego, PhD(ELIMINAR)
Estudiant de doctorat
Itziar Uriarte Arrazola(ELIMINAR)
Línies de recerca
La recerca realitzada pel grup abasta quatre àrees, aprofitant tant les capacitats de laboratori humit com sec.
Genòmica del càncer i biologia integrativa dels tumors del sistema nerviós perifèric, altres tumors derivats de la cresta neural i sarcomes
El grup realitza anàlisis genòmiques a diferents nivells (genòmica, transcriptòmica, epigenòmica) i utilitza diferents tipus de materials (tumors primaris, línies cel·lulars primàries, tipus cel·lulars seleccionats, models in vitro i in vivo, cèl·lules iPS, etc.) per investigar la formació, desenvolupament i disseminació dels tumors, integrant tota aquesta informació mitjançant bioinformàtica.
Models basats en cèl·lules primàries i iPSC per a càncer i regeneració
L'equip investiga la identitat i el comportament del tipus cel·lular que origina els tumors benignes del sistema nerviós perifèric (SNP) associats a les neurofibromatosis (NFs). Això es fa generant cèl·lules iPS directament a partir de cèl·lules de tumors benignes associats a la NF i desenvolupant models de tumoroides, a partir de cèl·lules iPS o directament de tumors. També volen utilitzar cèl·lules iPS per comprendre la formació de les cèl·lules del SNP i utilitzar-les amb finalitats de regeneració.
Patogènesi molecular de la neurofibromatosi tipus 1
Busquen la base molecular de la neurofibromatosi tipus 1 i els trets clínics associats investigant les presentacions clíniques dels pacients visitats al CSUR Phakomatosis de l'HUGTiP-ICO o altres entorns clínics, o utilitzant models que facilitin aproximacions experimentals.
Genòmica del càncer aplicada per a la translació a la clínica
Juntament amb el Programa de Càncer Hereditari de l'ICO, treballen constantment per millorar el diagnòstic genètic del càncer hereditari. El grup intenta desenvolupar estratègies rendibles que permetin identificar i interpretar de manera eficient les mutacions causants de malalties utilitzant tècniques genòmiques i bioinformàtiques.
Projectes actius
NF1-Associated Peripheral Nerve Sheath Tumors at Single-Cell Resolution: Heterogeneity, Tumor Growth, and Malignant Progression
PI: Eduard Serra
Funding agency: Department of Defense (DOD), USA
Agency code: NF200051
Duration: 01/07/2021 - 30/06/2024
More information
Nuevas aproximaciones de genómica traslacional para el diagnóstico y el manejo de tumores malignos de la vaina de los nervios periféricos y otros sarcomas
PI: Bernat Gel
Funding agency: Instituto de Salud Carlos III (ISCIII)
Agency code: PI23/00583
Duration: 1/01/2024 - 31/12/2026
Nanopore-based genomic analysis of minimally invasive biopsies of ANNUBP and MPNST for better diagnostics and management
PI: Bernat Gel
Funding agency: Children's Tumor Foundation (CTF)
Agency code: Clinical Research Award (CRA)
Duration: 17/12/2023 - 16/12/2025
More information
Análisis genómico basado en secuenciación por nanoporos de biopsias mínimamente invasivas de ANNUBP y MPNST para un mejor diagnóstico y manejo clínico
PI: Bernat Gel
Funding agency: Fundación Proyecto Neurofibromatosis
Duration: 27/12/2023 - 26/12/2025
Combining the inhibition of the Ras/MAPK pathway and the activation of the cAMP/PKA pathway as a therapeutic strategy for cutaneous neurofibroma
PI: Eduard Serra; co-PI Piotr Topilko
Funding agency: Neurofibromatosis Therapeutic Acceleration Program (NTAP)-Johns Hopkins University
Agency code: 2005932384
Duration: 01/04/2023 - 31/03/2026
Testing new therapeutic strategies for benign and malignant tumors of the peripheral nervous system associated to Neurofibromatosistype 1 (NF1)
PI: Eduard Serra
Funding agency: Instituto de Salud Carlos III (ISCIII)
Agency code: PI23/00422
Duration: 1/01/2024 - 31/12/2026
Identification of drugs targeting epigenetic regulators in an iPSC-based 3D MPNST model
PI: Eduard Serra; Co-PI: Marc Ferrer (NCATS (NIH))
Funding agency: Children's Tumor Foundation (CTF)
Agency code: Drug Discovery Initiative Award
Duration: 01/07/2023 - 30/06/2024
Estudio del cáncer secundario en pacientes con retinoblastoma hereditario; diseño de una estrategia basada en biopsia liquida para un diagnóstico temprano y adecuado seguimiento - proyecto RET-LB
PI: Eduard Serra
Funding agency: Fundación FEDER para la investigación de enfermedades raras
Duration: 1/06/2023 - 31/12/202
Nuevas combinaciones terapéuticas y estrategias de ensayos co-clínicos a tiempo real para MPNSTs en niños y adultos con NF1
PIs: Conxi Lázaro (ICO-IDIBELL); Héctor Salvador (Hospital St. Joan de Déu), Eduard Serra (coordinator, IGTP)
Funding agency: Fundación Proyecto Neurofibromatosis
Agency code: 2005932384
Duration: 27/01/2024 - 26/01/2026
Past projects
Impact of cellular, genetic and epigenetic heterogeneity in the progression and treatment of peripheral nervous system tumors associated to Neurofibromatosis type 1
PI: Bernat Gel, Eduard Serra
Funding agency: Instituto de Salud Carlos III (ISCIII)
Agency code: PI20/00228
Duration: 2021 - 2023
Testing the Malignant Peripheral Nerve Sheath Tumor vulnerability to precision therapies directed to recurrent genomic alterations
PI: Eduard Serra
Funding agency: Fundació La Marató de TV3
Agency code: 51/C/2019
Duration: 2020 - 2023
Caracterización de la composición y heterogeneidad celular de los tumores del sistema nervioso periférico asociados a la neurofibromatosis de tipo 1 a partir de análisis de célula única
PI: Bernat Gel, Eduard Serra
Funding agency: Fundación Proyecto Neurofibromatosis
Duration: 2020 - 2022
Publicacions científiques
Publicacions destacades
Mazuelas H, Magallón-Lorenz M, Uriarte-Arrazola I, Negro A, Rosas I, Blanco I, Castellanos E, Lázaro C, Gel B, Carrió M, Serra E. Unbalancing cAMP and Ras/MAPK pathways as a therapeutic strategy for cutaneous neurofibromas. JCI Insight. 2024 Jan 4;9(3):e168826. DOI: 10.1172/jci.insight.168826.
Magallón-Lorenz M, Terribas E, Ortega-Bertran S, Creus-Bachiller E, Fernández M, Requena G, Rosas I, Mazuelas H, Uriarte-Arrazola I, Negro A, Lausová T, Castellanos E, Blanco I, DeVries G, Kawashima H, Legius E, Brems H, Mautner V, Kluwe L, Ratner N, Wallace M, Fernández-Rodriguez J, Lázaro C, Fletcher JA, Reuss D, Carrió M, Gel B, Serra E. Deep genomic analysis of malignant peripheral nerve sheath tumor cell lines challenges current malignant peripheral nerve sheath tumor diagnosis. iScience 2023 31;26(2):106096. DOI: 10.1016/j.isci.2023.106096.
Mazuelas H, Magallón-Lorenz M, Fernández-Rodríguez J, Uriarte-Arrazola I, Richaud-Patin Y, Terribas E, Villanueva A, Castellanos E, Blanco I, Raya Á, Chojnacki J, Heyn H, Romagosa C, Lázaro C, Gel B, Carrió M, Serra E. Modeling iPSC-derived human neurofibroma-like tumors in mice uncovers the heterogeneity of Schwann cells within plexiform neurofibromas. Cell Rep. 2022 Feb 15;38(7):110385. DOI: 10.1016/j.celrep.2022.110385.
Moreno-Cabrera JM, Del Valle J, Castellanos E, Feliubadaló L, Pineda M, Brunet J, Serra E, Capellà G, Lázaro C, Gel B. Evaluation of CNV detection tools for NGS panel data in genetic diagnostics. Eur J Hum Genet. 2020 Dec;28(12):1645-1655. DOI: 10.1038/s41431-020-0675-z.
Gel B, Serra E. karyoploteR: an R/Bioconductor package to plot customizable genomes displaying arbitrary data. Bioinformatics. 2017 Oct 1;33(19):3088-3090. DOI: 10.1093/bioinformatics/btx346.
Informació addicional
Xarxes col·laboratives
European Reference Network (ERN) Genturis
A través del CSUR de Facomatosis HUGTiP-ICO-IGTP, el grup forma part d'aquesta xarxa de referència europea, que connecta proveïdors d'atenció sanitària i centres d'expertesa en l'atenció altament especialitzada per a pacients amb malalties genètiques que predisposen al càncer.
CIBERONC
El grup participa en el Centro de Investigación Biomédica en Red Cáncer (CIBERONC), assignat al grup liderat pel Dr. Gabriel Capellá, dins del Programa de Tumors del Tracte Digestiu.
Tesis doctorals
Title: Integrative genomic analyses of MPNST
Author: Miriam Magallon Lorenz
Supervisors: Bernat Gel, Eduard Serra
University: Universitat de Barcelona
Date of defense: July 2023
Notícies
Can Ruti obre les seves portes a estudiants de Badalona per la Setmana de la Ciència
Prop de 200 estudiants de batxillerat i cicles formatius d’instituts de Badalona han visitat els centres del Campus Can Ruti. L'activitat "Open House, coneix de prop el Campus Can Ruti", organitzada pel Servei Educatiu de Badalona (CRP) i l'IGTP, en coordinació amb les altres institucions del Campus, s'ha consolidat com una de les iniciatives destacades de la Setmana de la Ciència.
Programa Translacional de Recerca en Càncer II Workshop: un hub per a la recerca i la col·laboració
El segon CARE Workshop, celebrat el 9 i 10 d'octubre, va reunir més de 70 investigadors de la comunitat de recerca en càncer del Campus biomèdic de Can Ruti durant dos dies d'intercanvi científic. L'esdeveniment va servir com a plataforma per compartir les investigacions sobre càncer que s'estan desenvolupant al Campus i per fomentar connexions més estretes entre els investigadors.
Contacte
(+34) 93 554 30 67 extn: 6210
Bernat Gel
(+34) 93 554 30 67
Meritxell Carrió
(+34) 93 554 30 67