About

The Clinical and Experimental Microbiology Group, led by Dr. Pere-Joan Cardona, Head of the Microbiology Service at Hospital Universitari Germans Trias i Pujol, constitutes a consolidated multidisciplinary research group accredited by the Catalan Government. The Group has been involved in the Spanish research networks REIPI (Red Española de Centros de Investigación en Patología Infecciosa), RESITRA (Redes de Grupos de Infección y Trasplante), and currently several group members belong to CibeRes (Centro de Investigación Biomédica en Red en Enfermedades Respiratorias) while some others belong to CiberEsp (Centro de Investigación Biomédica en Red en Epidemiología y Salud Pública).

The research group focuses its activity in the development, standardization and clinical evaluation of microbiological, immunological and molecular techniques susceptible to be used in the diagnosis of infectious diseases, together with the development of "in vivo" experimental models including the Drosophila model, the study of the molecular mechanisms underlying antimicrobial resistance, the assessment of the antimicrobial activity of new antiseptic and disinfectants, and the fight against nosocomial infection through classic and genomic epidemiology tools. Genomic epidemiology through whole genome sequencing has also been applied to pathogens of public health interest, such as Mycobacterium tuberculosis (as reference centre in Catalonia) or SARS-CoV-2, for surveillance purposes and especially for the characterization of outbreaks. The intense activity in R+D during the last 25 years has encouraged several scientists from the hospital service to develop their own career as independent groups within the IGTP, these are the "Experimental Tuberculosis Unit" (Cris Vilaplana); " Pathogen diagnostics and genomic epidemiology group" (Elisa Martró) and "Innovation in respiratory infections and tuberculosis diagnosis" (José Domínguez & Cristina Prat), with whom we collaborate very closely.

The group aims to be the reference for the "pathogen view" of the Campus; this is possible due to its privileged view of daily service in the Hospital collaborating with the medical staff in the diagnosis, prophylaxis and treatment of infectious diseases. The group has a strong tradition of cooperation and networking and offers to collaborate with all the research groups of the IGTP and to the School of Medicine of the UAB of the Campus, to link the magic triangle of healthcare, research and education. In addition, the group has the ambition of being a reference group for innovation and tech-transfer activities on the campus

Keywords: Tuberculosis, virology, innovation, respiratory, infections.

Microbiology Service Germans Trias i Pujol University Hospital June 2021

Group Leader

Pere Joan Cardona Iglesias(ELIMINAR), Head of the Microbiology Service at Hospital Universitari Germans Trias i Pujol

Team

Research lines

OBJECTIU ESTRATÈGIC 1: Desenvolupament de 6 línies estratègiques

Línia 1: Resposta a reptes relacionats amb la Virologia

1.1.- SARS-CoV-2: des de principis de 2021 participem activament en la vigilància mitjançant epidemiologia genòmica que permet detectar el més ràpidament possible les variants del virus relacionades amb un increment transmissibilitat o evasió de la resposta immunitària (associades a brots en l'escenari d'una elevada cobertura vacunal), increment de virulència, i l'augment progressiu de resistències als tractaments a curt-mig termini.

1.2.- Hepatitis víriques (B i C): Cal establir nous indicadors per monitoritzar la prevalença i incidència del VHC en persones que s'injecten drogues i altres poblacions vulnerables, mitjançant mètodes moleculars a partir de mostres alternatives com la sang seca, per permetre una major accessibilitat al diagnòstic, acomplint els objectius d'eliminació proposats per la OMS pel 2030 i dissenyar mesures de prevenció i control més efectives. Així mateix, estem avaluant estratègies de cribratge integrat amb altres infeccions transmeses per fluids en la població que acudeix a urgències.

Línia 2: Resposta a reptes relacionats amb la Micobacteriologia

2.1.-Epidemiologia genòmica de Mycobacterium tuberculosis complex (MTBC): Hem iniciat un estudi de seqüenciació de totes les soques causants de tuberculosi a Catalunya, millorant la seva vigilància i permetent l'avaluació dels perfils genòmics vinculats a resistència a la quimioteràpia i a virulència.

2.2.-Estudi de la virulència de M. tuberculosis: Amb els estudis de co-evolució en D. melanogaster durant 10 generacions, s'han pogut generar soques de M. marinum menys virulentes. Les anàlisi de seqüenciació i transcriptòmica d'aquestes soques permetran fer un paral·lelisme amb M. tuberculosis

2.3-Control de brots de micobactèries ambientals: Aquestes bactèries són un repte creixent i cal caracteritzar-ne els brots; com en el cas de M. chimerae, vinculat a aparells de circulació extracorpòria que generen aerosols a la Unitat Coronària; l'increment de casos de M. intracellulare i el de M. abscessus.

Línia 3: resposta a reptes relacionats amb les Infeccions de Transmissió Sexual

3.1.- Epidemiologia molecular de la sífilis: Durant el període 2010-2020 la taxa per 100.000 habitants de sífilis infecciosa ha incrementat a Catalunya una mitja del 20% anual. El tipatge d'aquestes soques permetrà conèixer millor la seva disseminació, el seu perfil de virulència i resistència a macròlids.

3.2.- Estudi dels mecanismes de resistència de Mycoplasma genitalium a quinolones: Aquest bacteri és una ITS amb una prevalença de l'1-2% en població general i del 30% en població d'alt risc. La resistència al tractament recomanat (azitromicina) està en creixement i l'alternativa, les quinolones, té un perfil genòmic que cal caracteritzar, a partir del material que ha acumulat el nostre grup des del 2016.

Línia 4: resposta a reptes relacionats amb la Infeccions invasives

4.1.- Determinació del plàsmid pAmpC en les Sepsis: Aquestes infecciones requereixen d'un sistema diagnòstic i una caracterització de mecanismes de resistència ràpid. Actualment estem validant el sistema T2 BioSystems que li manca la capacitat de identificar del plàsmid pAmpC lligat a resistència a beta lactamases d'espectre estès (BLEE). Tan sols la tecnologia Nanopore permet caracteritzar amb fidelitat el plasmidi sencer.

4.2.- Diagnosi de les meningitis: La orientació diagnòstica d'aquestes infeccions ha de ser ràpida i alhora ha de tenir una gran potència per poder detectar una gamma àmplia de bacteris, fongs i virus. La seqüenciació basada en  nanoporus permetrà aquesta aproximació a través d'estudis de metagenòmica i viroma.

Línia 5: resposta a reptes relacionats amb Coinfeccion

5.1.-Interacció Pseudomonas aeruginosa i Staphylococcus aureus: La sinèrgia entre aquestes dues bactèries és la responsable d'infeccions greus com el peu diabètic i la pneumònia en intubat. Tant la caracterització genòmica com la utilització del model experimental d'infecció en D. melanogaster permetran escatir la naturalesa d'aquesta sinèrgia.

5.2.-Impacte de la microbiota fecal en la selecció de multiresistències: Mitjançant els estudis de metagenòmica podrem avaluar l'impacte de la microbiota intestinal en la selecció de les soques multiresistents i es podrà estudiar experimentalment mitjançant models de colonització intestinal en D. melanogaster axènica.

Línia 6: resposta a reptes relacionats amb la Multirresistència antibiòtica

6.1.- Estudi de la disseminació de bacteris multirresistents: Inclou l'estudi de Klebsiella pneumoniae, Enterobacter spp., Escherichia coli, i altres bacteris amb BLEE i/o carbapenemases, P. aeruginosaS. aureus resistent a meticil·lina), validant procediments de detecció i vigilància prospectiva a l'hospital cercant vinculacions fenotípiques (per perfils d'infrarrojos -IRBiotyper-) o genètiques (NGS) que permeti establir lligams epidemiològics (brots), detectant alhora perfils de virulència que permetin caracteritzar soques d'alta perillositat, amb l'ajut del model de D. melanogaster.

OBJECTIU ESTRATÈGIC 2: Desenvolupament de tècniques de NGS i modelització

El desenvolupament de les línies estratègiques descrites a l'objectiu 1 tenen en comú la utilització de de dos blocs metodològics a partir dels quals es podrà obtenir un coneixement transversal entre totes elles:

*  La NGS, per poder realitzar metagenòmica i establir eines diagnòstiques en mostres de difícil caracterització, ja sigui per l'ampli rang de patògens implicat, com pel baix rendiment del cultiu; i per fer estudis de coinfeccions i microbiota per poder. La seqüenciació, permetrà fer la caracterització de mecanismes de resistència i virulència i establir homologies entre diferents soques per trobar lligams epidemiològics. Finalment la metagenòmica també de cara a poder fer estudi de coinfeccions i estudiar el paper de la microbiota en el desenvolupament de diferents infeccions.

*  Modelització "in vivo" que inclou la utilització de models d'infecció, co-infecció i co-evolució en Drosophila melanogaster per poder estudiar processos de virulència i selecció de resistències antibiòtiques "in vivo", un model que es pot escalar en casos particulars al model d'infecció en ratolí. Totes aquestes dades generades s'integraran en models de simulació "in silico" de cara a poder realitzar una millor explotació de les dades i poder sotmetre les hipòtesis al criteri de falsabilitat.

OBJECTIU ESTRATÈGIC 3: Línia de transferència de tecnologia

El desenvolupament dels dos objectius anteriors ens permetran poder generar un procés de transferència a diferents nivells que es visualitzarà a final del període amb la celebració d'un Symposium on es presentaran tots els resultats d'aquest període, per marcar una fita a totes les línies que estimuli un treball transversal.

  1. Realització de nous algoritmes diagnòstics i de prevenció. Concretament en la línia de Virologia permetrà optimitzar el procés de detecció de noves variants del SARS-CoV-2 i millorar algoritmes de gestió de la infecció; a nivell de les hepatitis i ITS ens permetrà utilitzar tècniques més senzilles d'obtenció de mostres, com la de la gota de sang seca, que ens permetrà arribar a grups poblacionals de difícil accés. En quant a la gestió de la tuberculosi, el consorci TB-SEQ està dissenyat per poder ser transferit a l'Agència de Salut Pública de Catalunya, de cara a que es pugui incorporar en noves estratègies de recerca activa de brots. L'estudi de les coinfeccions permetrà una millor gestió d'infeccions complexes en malalts immunodeprimits. I la identificació ràpida de brots i multirresistències permetrà una millora substancial en el tractament dels pacients i en el control de les infeccions nosocomials.
  2. Validació de noves tècniques en col·laboració amb la indústria. El grup ha generat una complicitat consistent amb la indústria, donar valor a tecnologies punteres existents i permetent acords de col·laboració. La incorporació de l'IR-Biotyper per la gestió ràpida dels brots nosocomials de multirresistents, la de Nanopore en els diagnòstics complexes en són un exemple així com la col·laboració amb empreses com Beckman, Biomerieux, Abbott, Gilead, Abbvie o MSD.
  3. Generació de propietat intel·lectual. El nostre grup té una dilatada experiència en la generació de propietat intel·lectual: fins a 9 patents d'invenció i 3 "spin-offs" generades pel Dr. Cardona ho demostren. El nostre grup està plenament integrat a l'ecosistema biotecnològic català i la intencionalitat és la d'identificar aquelles oportunitats que permetin generar oportunitats de mercat.

OBJECTIU ESTRATÈGIC 4: Formació

En els propers tres anys tenim previst continuar amb la formació d'estudiants de grau, màster i doctorat (10 tesis inscrites actualment). Igualment estem formant 2 especialistes via MIR, FIR i BIR anualment als quals volem transmetre la necessitat d'integrar la tasca assistencial amb la Recerca i la Innovació. El nostre grup és molt interessant perquè permet identificar problemes que sorgeixen en la pràctica clínica habitual que han generat les Línies Estratègiques i les han traslladat als integrants de grups més centrats en Recerca Bàsica, responsables dels Blocs Metodològics. La nostra idea és la de fomentar aquesta col·laboració mitjançant sessions conjuntes, la de generar grups de treball mixtes per a la resolució dels reptes i poder generar un coneixement transversal.

OBJECTIU ESTRATÈGIC 5: Comunicació

  1. Comunicació a congressos. S'encoratjarà a tots els membres del grup a comunicar els resultats periòdicament en congressos de referència de les societats científiques a nivell estatal i internacional: SEPAR, SEIMC, SCM, FUITB, ECCMID, EASL així com en la publicació en revistes científiques referents.
  2. Comunicació a la ciutadania. Especialment per encoratjar l'esperit científic en escoles i instituts; adreçada a població vulnerable i a nivell general. Tant la Dra. Martró com el Dr. Cardona són molt actius en fòrums digitals, essent especialistes referents i participant habitualment en programes d'alt impacte a TV3, TVE, Catalunya Radio, RAC-1 i diaris com l'Ara o la Vanguardia.
  3. Engegar un blog del grup. D'aquesta manera es podrà difondre les activitats de R+I així com incloure articles de divulgació científica adreçats a la ciutadania.

Active projects

Epidemiological modelling of SARS-CoV2 in a post-pandemic surveillance context: an open platform for mid-term scenarios and short-term predictions

PI: Clara Prats Soler
Funding agency: Fundación BBVA
​​​​​​Start date: 01/07/2022 
End date:
30/06/2024

Viabilidad e impacto del cribado online de VIH / ITS dirigido a hombres que tienen sexo con hombres y mujeres transgénero en España usuarios de profilaxis pre-exposición (TÉSTATE-PrEP)

Reference: PI21/01589
PI: Cristina Agustí Benito
​​​​​​Funding agency:
Fondo de Investigaciones Sanitarias de la Seguridad Social (FIS)

Start date: 2022 
End date:
2024

Screening of bloodborne viruses in the emergency department of Hospital Germans Trias i Pujol

Referència: FOCUS Program
PI: Morillas RMª., Martró E., Carreres Molas A. Negredo E.
Funding agency: Gilead Sciences, S.L.U.
Start date: 27/06/2022 
End date:
26/06/2023

Population-based genomic epidemiology study for tailored strategies for surveillance and control of tuberculosis (TB-SEQ)

Reference: CIBERES
PI: Elisa Martró (IP), Iñaki Comas (Co-IP)
Funding agency: CIBER Enfermedades Respiratorias (CIBERES)
Start date: 24/02/2022 
End date:
31/12/2023

Proyecto de búsqueda activa de pacientes VHC en el Hospital Universitari Germans Trias i Pujol a partir de resultados de Microbiología

Reference: FindHCV
PI: Morillas RMª., Martró E.
Funding agencu: Gilead Sciences, S.L.U.
Start date: 11/01/2022
End date: 10/07/2022

Development of Robust and Innovative Vaccine Effectiveness

Reference: IMI-DRIVE_3
PI:Guillermo Mena, Irma Casas
Funding agency: Innovative Medicines Initiative (Call for Tenders 2021/2022)
Start date: 15/09/2021 
End date:
30/06/2023

Brand-specific COVID-19 vaccine effectiveness against severe COVID-19 disease in Europe

Reference: COVIDRIVE
PI: Guillermo Mena
Funding agency: P-95 CVBA Development Aid
Start date: 24/05/2021 
End date:
24/05/2023

Vigilancia semiautomatizada de las infecciones quirúrgicas:  el avance hacia una estrategia mejorada para la prevención y control de las infecciones relacionadas con la atención sanitaria

Reference: PI21/00862
PI: Juan José Gonzalez Lopez
Funding agency: Fondo de Investigaciones Sanitarias de la Seguridad Social (FIS)
Start date: 2021 
End date: 
2023

Caracterización de Neisseria meningitidis tras la introducción de la vacuna frente al serogrupo B e identificación de factores predisponentes para la enfermedad meningocócica invasiva

Reference: PI21/00132
PI: Juanjo Gonzñalez López
Funding agency Fondo de Investigaciones Sanitarias de la Seguridad Social (FIS)
Start date 2021 
End date:
202

Una perspectiva global de las enfermedades neumocócicas y la resistencia en tiempos de pandemia por COVID-19 y vacunación universal en pediatría

Reference: PI21/01000
PI: Ardanuy Tisaire, Maria Carmen
Funding agency: Fondo de Investigaciones Sanitarias de la Seguridad Social (FIS)
Start date: 2021 
End date:
2023

Estudio de las bases biológicas de la susceptibilidad a la tuberculosis según el sexo. Importancia del eje hipotalámico-pituitarioadrenal


Reference: PI20/01431
PI: Cardona PJ
Funding agency: Fondo de Investigaciones Sanitarias de la Seguridad Social (FIS)
Start date: 2021 
End date
2023

Semi-automated surveillance of surgical site infections:  a step towards enhanced methos in Infection prevention and control

Referència: PI 20/01563
PI: Castellà L.
Funding agency: Fondo de Investigaciones Sanitarias de la Seguridad Social (FIS)

Start date: 2021 
End date:
2023

Epidemiologia genòmica de SARS-CoV-2 a Catalunya:  vigilància virològica i control de brots

Reference: 342/C/2021. Fundació Marató TV3
PI: Elisa Matró, Marc Noguera
Funding agency: Fundació Marató TV3

Start date: 2021 
End date 
2023

SMA-TB:  A novel Stratified Medicine Algorithm to predict treatment responses to host-directed therapy in TB Patients.

Reference: H2020-SC1-BHC-2018-2020
PI: Vilaplana C.
Funding agency: European community H2020 programme
Start date: 2020 
End date:
2024

Cost-effectiveness of a community intervention versus a healthcare-based strategy for promoting the prevention, diagnosis and treatment of hepatitis B and C in immigrants in Catalonia

PI: Martró E.
Funding agency: Instituto de Salud Carlos III. Ministerio de Sanidad y Consumo
Agency code: PI19/0568
Start date: 01/01/2020
End date: 31/12/2023

See also Dr Martró's group page

Estratègia comunitària de cribratge de les Hepatitis B i C, i del VIH i accés precoç al tractament, en població migrant provinent de països d'alta prevalença

Reference: MiCATC
PI: Clom J.
Funding agency: Gilead Sciences, S.L.U.
Start date: 01/05/2020 
End date:
01/06/2022

Prevenció de la bacterièmia de catèter a les unitats d'hospitalització convencional

Reference: PI20/01563
PI: O. Guarch
Funding agency: Fondo de Investigaciones Sanitarias de la Seguridad Social (FIS)
Start date: 2020 
End date:
2022

Program for the progressive substitution of laboratory animals in the Center for Comparative Medicine (IGTP) (CMCiB-3R)

Refererence: LCF/PR/GN17/50300003
PI: Cardona PJ.
Funding agency: Fundació La Caixa
Start date: 2018 
End date:
2022

Grup de Microbiologia Clínica i Patologia Infecciosa Experimental. Ajuts de suport als grups de recerca consolidats de Catalunya

Reference: 2021 SGR 00931; SGR 2017 477; 2014 SGR 1099; 1999 SGR 0236; 2001 SGR 00461; 2009 SGR 1485; 2005
PI: Cardona PJ.
Funding agency: Agència de Gestió d'Ajuts Universitaris i de Recerca (AGAUR). Generalitat de Catalunya
Start date: 1999 
End date:
2024


Scientific publications

Fernández Rivas G., Barallat J., González V., Martínez S., Bordoy AE., Jiménez L., Casañ C., Blanco I. Analytical Performance of Quantitative DiaSorin Liaison SARS-COV-2 Antigen Test for the asymptomatic population. Fernández Rivas G., Barallat J., González V., Martínez S., Bordoy AE., Jiménez L., Casañ C., Blanco I. Frontiers in Public Health. 2022 Jan 7; 9: 7885816,4610.3389/fpubh.2021.78858135071169 DOI: https://doi.org/10.3389/fpubh.2021.788581

Bordas A., Soriano-Arandes A., Subirana M., Malagrida R., Reyes-Urueña JM., Folch C., Soler-Palacin P., Gascón M., Sunyer J., Anton A., Blanco I., Fernández-Morales J., Colom-Cadena A., Sentís A., Pumarola T., Basora J., Casabona J; Study protocol for monitoring SARS-CoV-2 infection and its determinants in Catalonia (Spain): an observational and participatory research approach in a Sentinel Network of Schools. Sentinel School NetworBMJ Open. 2022 Jan 25; 12(1): e0556492,6910.1136/bmjopen-2021-05564935078847 DOI: https://doi.org/10.1136/bmjopen-2021-055649

Monitoring of SARS-CoV-2 seroprevalence among primary healthcare patients in the Barcelona Metropolitan Area: the SeroCAP sentinel network protocol. Sentís A., Torán P., Esperalba J., Agustí C.,  Munoz MÁ., Fernández Rivas G., Dopico E., Salvador-González B., González MV., Bordas A., Antón A., Violan C., Montoro-Fernández M., Aceiton J., Egea-Cortés L., Alonso L., Dacosta-Aguayo R., Calatayud Lejardi Y, Mendioroz J, Basora J, Reyes-Urueña J, Casabona J. BMJ Open 2022 Feb 9; 12(2): e0532372,6910.1136/bmjopen-2021-05323735140153 DOI: https://doi.org/10.1136/bmjopen-2021-055649

Carbapenem resistance in Acinetobacter nosocomialis and Acinetobacter junii conferred by acquisition of blaOXA-24/40 and genetic characterization of the transmission mechanism between Acinetobacter Genomic Species. Lasarte-Monterrubio C., Guijarro-Sánchez P., Bellés A., Vázquez-Ucha JC., Arca-Suárez J., Fernández-Lozano C., Bou G., Beceiro A., on behalf of the Spanish National Study Acinetobacter spp. 2020 Group (Quesada MD.).Microbiology Spectrum. 2022 Jan-Feb; 10(1): e02734-211,4910.1128/spectrum.02734-2135138195 DOI: https://doi.org/10.1128/spectrum.02734-21

Cardona PJ., Català M., Prats. C. The origin and maintenance of Tuberculosis is explained by the induction of smear-negative disease in the paleolithic. Pathogens. 2022; 11(3):3663,4910.3390/pathogens1103036635335692 DOI: https://doi.org/10.3390/pathogens11030366

Codina-Jiménez C., Marin S., Álvarez M., Quesada MD., Rodríguez-Ponga B., Valls E., Quiñones C. Risk factors for nosocomial bloodstream infections in COVID-19 affected patients: protocol for a case-control study. European Journal of Hospital Pharmacy: 2022; 29: e2-e51,6510.1136/ejhpharm-2021-00277634400550 DOI: https://doi.org/10.1136/ejhpharm-2021-002776

Forns X., Colom J., García-Retortillo M., Quer JC., Lens S., Martró E., Domínguez-Hernández R., Casado MÁ., Buti M. Point-of-care hepatitis C testing and treatment strategy for people attending harm reduction and addiction centres for hepatitis C elimination. Journal of Viral Hepatitis. 2022 Mar; 29(3): 227-2303,7310.1111/jvh.1363434806812 DOI: https://doi.org/10.1111/jvh.13634

Roure S., Pérez-Quilez O., Vallès X., Valerio Ll., López-Muñoz I., Soldevila L., Torrella A., Fernández Rivas G., Chamorro A., Clotet B. Schistosomiasis among female migrants in non-endemic countries: neglected among the neglected? A pilot stady. Frontiers in Public Health. 2022 March 9; 10: 7781106,4610.3389/fpubh.2022.77811035372213 DOI: https://doi.org/10.3389/fpubh.2022.778110

Roure R., Pérez-Quílez O., Vallès X., Valerio Ll., Fernández Rivas G., Rivaya B., López-Muñoz I., Soldevila L., Villanova X., Paredes R., Pedro-Botet ML., Videla S., Clotet B. A simple new screening tool for diagnosing imported schistosomiasis. Public Health in Practice. 2022 Jun; 3: 1002450,0010.1016/j.puhip.2022.10024536101771 DOI: https://doi.org/10.1016/j.puhip.2022.100245

Rivaya B., Le Roy C., Jordana-Lluch E., Fernández Rivas G  G., Casañ C., González V., Wang-Wang J., Bébéar C., Matas L., and Pereyre S. Detection and Prevalence of Macrolide and Fluoroquinolone resistance in Mycoplasma genitalium in Badalona, Spain. Antibiotics. 2022; 11(4): 4854,6410.3390/antibiotics1104048535453236 DOI: https://doi.org/10.3390/antibiotics11040485

Blanco I., Violán C., Suñer C., Garcia-Prieto J., Argerich MJ., Rodriguez-Illana M., Moreno N., Cardona PJ., Blanco A., Torán-Monserrat P., Clotet B., Bonet JM ª., Prat N. Comparison between mid-nasal swabs and buccal swabs for SARS-CoV-2 detection in mild COVID-19 patients. Journal of Infection. 2022 May; 84(5): e78-e796,0710.1016/j.jinf.2022.02.00835172195 DOI: https://doi.org/10.1016/j.jinf.2022.02.008

Raïch-Regué D., Muñoz-Basagoiti J., Perez-Zsolt D., Noguera-Julian M., Pradenas E., Riveira-Muñoz E., Giménez N., Carabaza A., Giménez F., Saludes V., Martró E., Robert N., Blanco I., Paredes R., Ruiz L., Ballana E., Clotet B., Blanco J., Izquierdo-Useros Performance of SARS-CoV-2 antigen-detecting rapid diagnostic tests for Omicron and other variants of concern. Frontiers in Microbiology. 2022 May 10; 13: 8105766,0610.3389/fmicb.2022.81057635620108 DOI: https://doi.org/10.3389/fmicb.2022.810576

Blanco J., Blanco I., Ara J., Bassat Q., Clotet B., Baro B., Troxel A., Jan Zwaginga J., Mitjà O., Rijnders BJA., CoV-Early study group & COnV-ert study group (Giménez M., París A., Fernández Rivas G., Casañ López C., Hernández Á., Bordoy AE., González Soler M.). Prospective individual patient data meta-analysis of two randomized trials on convalescent plasma for COVID-19 outpatients. Nature Communications. 2022 May 11; 13(1): 258314,9210.1038/s41467-022-29911-335546145 DOI: https://doi.org/10.1038/s41467-022-29911-3

Sopena N., Wang‐Wang JH., Casas I., Mateu L., Castellà L., García‐Quesada MJ., Gutierrez S., Llibre JM., Pedro‐Botet ML., Fernandez‐Rivas G. Impact of the introduction of a two‐step laboratory diagnostic algorithm in the incidence and earlier diagnosis of Clostridioides difficile infection. Microorganisms 2022; 10, 10754,1310.3390/microorganisms1005107535630517 DOI: https://doi.org/10.3390/microorganisms10051075

González V., López N., Grifols J., Egea L., Belén Rivaya B., Hao Wang Wang JH., Casabona J., Cardona PJ. Validation study of an automated chemiluminiscence assay to detect HIV antibodies in oral fluid specimens..European Journal of Clinical Microbiology and Infectious Diseases. 2022 Jun; 41(6): 907-9113,2710.1007/s10096-022-04450-335524829 DOI: https://doi.org/10.1007/s10096-022-04450-3

Wang-Wang JH., Bordoy AE., Martró E., Quesada MD., Pérez-Vázquez M., Guerrero-Murillo M., Tiburcio A., Navarro M., Castellà L., Sopena N., Casas I., Saludes V., Giménez M., Cardona PJ. Evaluation of fourier transform infrared spectroscopy as a first-line typing tool for the identification of extended-spectrum β-Lactamase-producing Klebsiella pneumoniae outbreaks in the Hospital setting. Frontiers in Microbiology. 2022; 13: 8971616,0610.3389/fmicb.2022.89716135756036 DOI: https://doi.org/10.3389/fmicb.2022.897161

Cañada-García JE., Moure Z., Sola-Campoy PJ., Delgado-Valverde M., Cano ME., Gijón D., González M., Gracia-Ahufinger I., Larrosa N., Mulet X., Pitart C., Rivera A., Bou G., Calvo J., Cantón R., González-López JJ., Martínez-Martínez L., Navarro F., Olive CARB-ES-19 Multicenter Study of Carbapenemase-Producing Klebsiella pneumoniae and Escherichia coli From All Spanish Provinces Reveals Interregional Spread of High-Risk Clones Such as ST307/OXA-48 and ST512/KPC-3r. Frontiers in Microbiology. 2022; 13: 9183626,0610.3389/fmicb.2022.91836235847090 DOI: https://doi.org/10.3389/fmicb.2022.918362

Fernández Rivas G.,  Barallat J., Quirant B., González V., Doladé M., Martínez-Cáceres E., Piña M., Matllo J., Blanco I., Cardona PJ. Follow up of the humoral response in healthcare workers after the administration of two dose of the anti SARS-COV2 vaccines. Effectiveness in delta variant breakthrough infections.Viruses. 2022; 14(7): 13855,0510.3390/v1407138535891366 DOI: https://doi.org/10.3390/v14071385

Badia-Cebada L., Peñafiel J., Lopez-Contreras J., Pomar V., Martínez JA., Santana G., Cuquet J., Montero MM., Hidalgo-López C., Andrés M., Giménez M., Quesada MD., Vaqué M., Iftimie S., Gudiol C., Perez R., Coloma A., Marrón A., Barrufet P., Marimon M.L. Decreased Mortality among Patients with Catheter-Related Bloodstream Infections at Catalan Hospitals (2010-2019). Journal of Hospital Infection. 2022; 126(2022): 70-773,9310.1016/j.jhin.2022.05.00935594988 DOI: https://doi.org/10.1016/j.jhin.2022.05.009  

Martró E., Ouaarab H., Saludes V., Buti M., Treviño B., Roade L., Egea-Cortés L., Reyes-Ureña J., Not A., Majó X., Colom J., Gómez I Prat J. HepClink Study Group. Pilot hepatitis C micro-elimination strategy in Pakistani migrants in Catalonia through a community intervention. Liver international. 2022 Aug; 42(8): 1751-17611,4610.1111/liv.1532735635535 DOI: https://doi.org/10.1111/liv.15327

Sirera G., Videla S., Saludes V., Castellà E., Sanz C., Ariza A., Clotet B., Martró E. Prevalence of HPV-DNA and E6 mRNA in lung cancer of HIV-infected patients. Scientific Reports. 2022 Aug 1; 12(1): 131965,0010.1038/s41598-022-17237-535915124 DOI: https://doi.org/10.1038/s41598-022-17237-5

Català M., Coma E., Alonso S., Andrés C., Blanco I., Antón A., Bordoy AE., Cardona PJ., Fina F., Martró E., Medina M., Mora N., Saludes V., Prats C., Prieto-Alhambra D., Alvarez-Lacalle E. Transmissibility, hospitalization, and intensive care admissions due to omicron compared to delta variants of SARS-CoV-2 in Catalonia: A cohort study and ecological analysis. Frontiers in Public Health. 2022 Aug 12; 10: 9610306,4610.3389/fpubh.2022.96103036033822 DOI: https://doi.org/10.3389/fpubh.2022.961030

González-Díaz A., Berbel D., Ercibengoa M., Cercenado E., Larrosa N., Quesada MD., Casabella Pernas A., Cubero M., Marimón JM., Domínguez MA., Carrera-Salinas A., Càmara J., Martín-Galiano AJ., Yuste J., Marti S., Ardanuy C. Genomic features of predominant non-PCV13 serotypes responsible for adult invasive pneumococcal disease in Spain.. Journal of Antimicrobial Chemotherapy. 2022 Aug 25; 77(9): 2389-23985,7910.1093/jac/dkac19935815569 DOI: https://doi.org/10.1093/jac/dkac199

Alemany A., Agud-Dios M., Ubals M., Clara Suñer C., Andrés Antón A., Maider Arando M., Jorge Arroyo-Andrés J., Calderón-Lozano L., Casañ C., Cabrera JM., Coll P., Descalzo V., Folgueira MD., García-Pérez JN., Gil-Cruz E., González-Rodríguez, B.  Tarín-Vicente EJ. Clinical presentation and virological assessment of confirmed human monkeypox virus cases in Spain: a prospective observational cohort study. Lancet. Aug 27; 400(10353): 661-669202,7310.1016/S0140-6736(22)01436-235952705 DOI: https://doi.org/10.1016/S0140-6736(22)01436-2

Violán C., Torán‑Monserrat P., Quirant B., Lamonja‑Vicente N., Carrasco‑Ribelles LA., Chacón C., Manresa‑Dominguez JM., Ramos‑Roure F., Dacosta‑Aguayo R., Palacios‑Fernández C., Roso‑Llorach A., Pujol A., Ouchi D., Monteagudo M., Montero‑Alia P., Garcia‑Sierra R., Arméstar F., Doladé M., Prat N., Bonet JM., Clotet B., Blanco I., Boigues‑Pons M., Moreno‑Millán N., Prado JG., Martínez Cáceres EM., for the ProHEpiC-19 study (Fernández Rivas G., Molinos Abòs S., Barallat Martínez de Osaba J.). Kinetics of humoral immune response over 17 months of COVID‑19 pandemic in a large cohort of healthcare workers in Spain: the ProHEpiC‑19 study. BMC Infectious Diseases. 2022 Sep 3; 22(1): 7213,6710.1186/s12879-022-07696-636057544 DOI: https://doi.org/10.1186/s12879-022-07696-6

Lens S., Miralpeix A., Gálvez M., Martró E., González N., Rodriguez-Tajes S., Mariño Z., Saludes V., Reyes-Urueña J., Majó X., Colom J., Forns X. HCV microelimination in harm reduction centres has benefits beyond HCV cure but is hampered by high reinfection rates. Journal of Hepatology. 2022 Sep 13; 4(12): 10058030,0810.1016/j.jhepr.2022.10058036316992 DOI: https://doi.org/10.1016/j.jhepr.2022.100580

Catlett B., Hajarizadeh B., Cunningham E., Wolfson-Stofko B., Wheeler A., Khandaker-Hussain B., Feld JJ., Martró E., Chevaliez S., Pawlotsky JM., Bharat C., Cunningham PH., Dore GJ., Applegate T., Grebely J. Diagnostic accuracy of assays using point-of-care testing or dried blood spot samples for the determination of HCV RNA: a systematic review. Journal of Infectious Diseases. 2022 Sep 21; 226(6): 1005-10211,4010.1093/infdis/jiac04935150578 DOI: https://doi.org/10.1093/infdis/jiac049

Agustí C., Martínez-Riveros H., González MV., Fernández Rivas G., 5, Díaz Y., Montoro-Fernández M., Moreno-Fornés S., Romano-deGea P., Muntada E., Calvo B., Casabona J. Feasibility of an online antigen self-testing strategy for SARS-CoV-2 addressed to health care and education professionals in Catalonia (Spain). The TESTA'T- COVID Project. PLoS One. 2022 Sep 27; 17(9): e02750063,7510.1371/journal.pone.027500636166432 DOI: https://doi.org/10.1371%2Fjournal.pone.0275006

Ferrer L., Gonzáalez MV., Martró E., Folch C., Saludes V., Muñoz R., Rodríguez V., Morales A., Meroño M., Morey F., de Sanjosé S., Casabona J. High HIV/STI prevalence among cisgender men and transgender women sex workers attending community-based centres in Barcelona, Spain: The Sweetie Project International Journal of STD & AIDS. 2022 Sep 15; 95646242211165361,4610.1177/0956462422111653636113447 DOI: https://doi.org/10.1177/09564624221116536

López-Muñoz I., Torrella A., Pérez-Quílez O., Castillo-Zuza A., Martró E., Bordoy AE., Saludes V., Blanco I., Soldevila L., Estrada O., Valerio L., Roure S., Vallès X. SARS-CoV-2 secondary attack rates in vaccinated and unvaccinated household contacts during replacement of delta with Omicron variant, Spain. Emerging Infectious Diseases. 2022 Oct; 28(10): 1999-200816,1310.3201/eid2810.22049436037811 DOI: https://doi.org/10.3201/eid2810.220494

Arch M., Vidal M., Koiffman R., Melkie ST., Cardona PJ. Drosophila melanogaster as a model to study innate immune memory.. Frontiers in Microbiology. 2022 Oct 20; 13: 9916786,0610.3389/fmicb.2022.99167836338030 DOI: https://doi.org/10.3389/fmicb.2022.991678

Bracke C., Miranda C., González S., Casas I., Cardona PJ., Benitez RM., Sopena N., Reynaga EA., Massanella M., Clotet B., Carrillo J., Mateu L., Pedro-Botet ML. Correlation between Clinical and Immunological Variables and Humoral Response to SARS-CoV-2 Vaccination in Adult Patients with Antibody Deficiency Disorders. Pathogens. 2022 Nov 16; 11(11): 13644,5310.3390/pathogens1111136436422615 DOI: https://doi.org/10.3390/pathogens11111364

Alemany A., Pérez-Zsolt D., Raïch-Regué D., Muñoz-Basagoiti J., D. Ouchi D., Laporte-Villar C.,  Baro B., Henríquez N., Prat N., Ochoa Gianinetto M., Viaplana Gutiérrez M., Garcia Sánchez-Paniagua M., Larrosa Henríquez N., Moreno Vicente J., Ara J., Rodriguez-Arias M.,  Puig J., Blanco I., Casañ López C., Hernández Á. Bordoy AE., Esteban Redondo C., González Soler V., Giménez M., Blanc V.,  León R., Gispert J., CPC-COVID GROUP, Clotet B., Izquierdo-Useros N., and Mitjà O. Cetylpyridinium Chloride Mouthwash to reduce shedding of infectious SARS-CoV-2: a double-blind randomized clinical trial. Journal of Dental Research. 2022 Nov; 101(12): 1450-14566,1210.1177/0022034522110231035727681 DOI: https://doi.org/10.1177/00220345221102310

Espana-Cueto S., Santos JR., Blanch-Lombarte O., Grifols JR., Llados G., López C., Molina-Morant D., Nevot M., Pradenas E., Trinite B., Jimenez-Moyano E., Pena R., Marfil S., Parera M., Catala F., Hernández-Rodríguez Á., Bordoy AE., Blanco I., Saludes V. Prolonged viral shedding and multiple admissions due to SARS-CoV-2-associated pneumonia in a patient with chronic Lymphocytic Leukemia: A case report. 6 Journal of Biomedical Research & Environmental Sciences. 2022 Nov 08; 3(11): 1293-12973,9610.37871/jbres15950 DOI: 10.37871/ jbres1595

Ubals M., Tarín-Vicente EJ., Oller X., Mendoza A., Alemany A., Hernández-Rodríguez Á., Casañ C., Rivero Á., Coll P., Cabrera JM., Vall M., Agud-Dios M., Gil-Cruz E., Paris de Leon A., Ramírez A., Folgueira MD., Melendez MA., Buhiichyk V., Galván-Casas C., Paredes R., Prat N., Sala Farre MR., Bonet-Simó JM., Ortiz-Romero PL., Clotet B., Cardona PJ., Blanco I., Marks M., Suñer C., Mitjà O. Movie Group. Evaluating the accuracy of self-collected swabs for the diagnosis of monkeypox. Clinical Infectious Diseases. 2022 Nov 12;ciac889. Online ahead of print21,0010.1093/cid/ciac88936370091 DOI: https://doi.org/10.1093/cid/ciac889

The COVID-19 Sentinel Schools Network of Catalonia (CCSSNC) Project: associated factors to prevalence and incidence of SARS-CoV-2 infection in educational settings during the 2020-2021 academic year. Ganem F., Bordas A., Folch C., Alonso L., Montoro-Fernández M., Colom-Cadena A., Mas A., Mendioroz J., Asso L., Anton A., Pumarola T., González MV., Blanco I., Soler-Palacín P., Soriano-Arandes A., Casabona J.PLoS One. 2022 Nov 17; 17(11): e02777643,7510.1371/journal.pone.027776436395191 DOI:

Suñer C., Ubals M., Tarín-Vicente EJ., Mendoza A., Alemany A., Hernández-Rodríguez Á., Casañ C., Descalzo V., Ouchi D., Marc A., Rivero À., Coll P., Oller X., Cabrera JM., Vall-Mayans M., Folgueira MD., Melendez MÁ., Agud-Dios M., Gil-Cruz E., Paris de Le Viral dynamics in patients with monkeypox infection: a prospective cohort study in Spain. Lancet Infectious diseases. 2022 Dec 12:S1473-3099(22)00794-0. doi: 10.1016/S1473-3099(22)00794-0. Online ahead of print.71,4210.1016/S1473-3099(22)00794-036521505 DOI: https://doi.org/10.1016/s1473-3099(22)00794-0

Bordoy AE., Saludes V., Panisello Yagüe D., Clarà G., Soler L., Paris de León A., Casañ C., Blanco-Suárez A., Guerrero-Murillo M., Rodríguez-Ponga B., Noguera-Julian M., Català-Moll F., Pey I., Armengol MP., Casadellà M., Parera M., Pluvinet R., Sumoy L. Monitoring SARS-CoV-2 variant transitions using differences in diagnostic cycle threshold values of target genes. Scientific Reports. 2022 Dec 17; 12(1): 218185,0010.1038/s41598-022-25719-936528712 DOI: https://doi.org/10.1038/s41598-022-25719-9

Bordoy AE., Vallès X., Not A., Chiner-Oms Á., Saludes V., Torres Cervós J., Roset Roig A., Juan-Andres C., Sureda H., Pardo-Amil V., García I., Guitart Rossell G., Cambra Cibeira L., Casañ C., Giménez M., Blanco I., Torres-Puente M., Cancino-Muñoz I., Epidemiological and Genomic Analysis of a Large SARS-CoV-2 Outbreak in a Long-Term Care Facility in Catalonia, Spain. GonmSphere. 2022 Dec 21; 7(6): e00346225,0310.1128/msphere.00346-2236448779 DOI: https://doi.org/10.1128/msphere.00346-22

Publications Pere-Joan Cardona

News

Personal médico e investigador del Campus Can Ruti, de nuevo entre los más relevante del mundo en el ámbito científico

El Campus de Can Ruti y el equipo asistencial e investigador de las diferentes instituciones que lo integran continúa demostrando, un año más, ser un nodo relevante a escala mundial en cuanto a la producción y al adelanto científico.

Germans Trias descubre un marcador para predecir si la infección por tuberculosis puede acabar derivando hacia la enfermedad

El descubrimiento, publicado en la revista Pathogens, abre la puerta a acelerar el diseño de vacunas o tratamientos eficientes contra la enfermedad.

+ Noticias

Contact

Pere-Joan Cardona Iglesias

(+34) 934 978 894 extn. 3448

pcardonai.germanstrias(ELIMINAR)@gencat.cat