Genómica tumoral y progresión de los tumores de la vaina nerviosa periférica

Esta línea de investigación, desarrollada en estrecha colaboración con el Grupo de Cáncer Hereditario liderado por el Dr. Eduard Serra, se centra en comprender los mecanismos genómicos, transcriptómicos, epigenómicos y celulares que impulsan el inicio y la progresión tumoral, con un énfasis especial en los tumores de la vaina nerviosa periférica asociados a la NF1 y en los tumores malignos de la vaina nerviosa periférica (MPNST). El grupo utiliza secuenciación del genoma completo, secuenciación de RNA, análisis basados en metilación, aproximaciones de célula única y espaciales para reconstruir la evolución tumoral e identificar características moleculares asociadas a la transformación maligna. Uno de los principales objetivos es definir subtipos tumorales clínicamente relevantes, rutas de progresión y biomarcadores que permitan mejorar el diagnóstico, la estratificación del riesgo y el futuro desarrollo terapéutico.

Herramientas de genómica y bioinformática para el diagnóstico del cáncer

Esta línea tiene como objetivo trasladar el conocimiento genómico a herramientas prácticas de apoyo diagnóstico en cáncer, tomando los MPNST como enfermedad modelo. El grupo está desarrollando estrategias diagnósticas basadas en secuenciación nanopore que aprovechan las alteraciones genómicas identificadas en sus estudios de genómica tumoral, con el objetivo de ayudar a diferenciar tumores benignos, premalignos y malignos de la vaina nerviosa periférica en casos clínicamente complejos. Paralelamente, el grupo investiga cómo aproximaciones genómicas amplias, como la secuenciación del genoma completo u otros análisis genómicos no dirigidos, se comparan con el estándar clínico actual basado en pequeños paneles NGS específicos de enfermedad dirigidos a un número limitado de genes. Este trabajo busca determinar en qué situaciones un perfil genómico amplio puede aportar un valor diagnóstico adicional y cómo puede implementarse en flujos de trabajo clínicos realistas.

Biopsia líquida y secuenciación nanopore para la detección precoz del cáncer

Esta línea de investigación explora el uso de la biopsia líquida para la detección, monitorización y evaluación del riesgo del cáncer de forma mínimamente invasiva. El grupo está especialmente interesado en la detección precoz de los MPNST en pacientes de riesgo y en la detección de segundas neoplasias en supervivientes de retinoblastoma. Su enfoque distintivo es el uso de secuenciación nanopore para extraer múltiples capas de información a partir de DNA tumoral circulante y otras señales de DNA libre circulante en un único ensayo. Combinando fragmentómica, análisis de variaciones en el número de copias y perfilado nativo de metilación del DNA, la biopsia líquida basada en nanopore tiene el potencial de ofrecer una lectura más rica que las aproximaciones convencionales de lectura corta. El objetivo a largo plazo es desarrollar estrategias clínicamente útiles para una detección tumoral más precoz y una mejor vigilancia de poblaciones de alto riesgo.

Métodos bioinformáticos y desarrollo de software

El grupo desarrolla herramientas bioinformáticas cuando los métodos existentes son insuficientes para sus necesidades de investigación y traslación clínica. Esto incluye software para el análisis, visualización, interpretación e integración de datos genómicos, con un énfasis especial en herramientas robustas, reutilizables y útiles para la comunidad biomédica. Algunos ejemplos previos incluyen regioneR y karyoploteR, paquetes de R/Bioconductor para el análisis de regiones genómicas y la visualización de datos a escala genómica. Esta línea también da soporte a los proyectos de genómica tumoral y diagnóstico del grupo mediante el desarrollo de pipelines específicos, marcos de análisis y métodos de visualización para tipos de datos complejos, incluyendo secuenciación del genoma completo, multiómica de célula única, secuenciación nanopore y datos de biopsia líquida.

Nanopore-based genomic analysis of minimally invasive biopsies of ANNUBP and MPNST for better diagnostics and management

PI: Bernat Gel
Funding agency: Children's Tumor Foundation (CTF)
Agency code: CTF-2023-10-001
Duration: 15/12/2023 - 14/12/2026

Análisis genómico basado en secuenciación por nanoporos de biopsias mínimamente invasivas de annubp y mpnst para un mejor diagnóstico y manejo clínico

PI: Bernat Gel
Funding agency: Fundación Proyecto Neurofibromatosis
Duration: 27/12/2023 - 26/12/2026

Nuevas aproximaciones de genómica traslacional para el diagnóstico y el manejo de tumores malignos de la vaina de los nervios periféricos y otros sarcomes

PI: Bernat Gel
Funding agency: Instituto de Salud Carlos III (ISCIII)
Agency code: PI23/00583
Duration: 1/1//2024 - 31/12/2026