Servei d'anàlisi genètica

Duem a terme l'estudi genètic d'organisme/s en base a diverses aproximacions tècniques:

a) Deep Sequencing (NGS)

Es tracta de la preparació de llibreries i posterior seqüenciació d'alt rendiment d'una regió genòmica d'interès. La possibilitat de fer moltes lectures permet detectar tipus clonals rars, cèl·lules o microbis que representen tan sols l'1% de la mostra original, etc. La preparació de les llibreries es duu a terme mitjançant diverses aproximacions que tenen com a finalitat obtener fragments de la mida adequada als quals s'han afegit codis de barres (identificadors de cada mostra) i els adaptadors necessaris per a ser llegits.

Aplicacions. La tecnología es pot aplicar a: a) ADN genòmic (whole genome i exòmica), b) fragments enriquits d'ADN, c) genomes senzills sencers (small genomes), d) perfils metagenòmics (16S o altres), e) ARN (transcriptòmica, ARN profiling), f) small RNAs/miRNAs, g) cromatina immunoprecipitada (Chip-Seq), etc.

La seqüenciació es duu a terme amb dos seqüenciadors MiSeq® Personal Sequencer (Illumina), un equip NextSeq-1000 (Illumina) i un seqüenciador MinION (Oxford Nanopore).

b) Electroforesi capil·lar per seqüenciació

Són les tècniques gold standard del diagnòstic genètic quan es volen analitzar regions concretes del genoma. Permeten tant la seqüenciació basada en el mètode Sanger, com l'anàlisi de fragments gènics (genescan).

Les aplicacions més habituals són: seqüenciació de novo de DNA; detecció de mutacions; estudis de discriminació al·lèlica (SNPs); anàlisi de perfils de metil·lació gènica en illes CpG d'ADN genòmic (MSP); anàlisi del nombre variable de còpies gèniques (CNVs); anàlisi de microsatèl·lits (STRs, VNTRs); PCR mediada per lligació i Multiplex Ligation-dependent Probe Amplification (MLPA).

Es realitzen mitjançant l'ús dels analitzadors genètics ABI 3130 i ABI 3130xl (Applied Biosystems).

c) Electroforesi capil·lar per anàlisi de qualitat d'àcids nucleics

Per a l'estudi de la qualitat dels àcids nucleics, disposem d'un bioanalitzador 2200 TapeStation (Agilent) i d'un QIAxcel Advanced System (Izasa). Ambdós són sistemes automatitzats d'anàlisi qualitativa i quantitativa d'àcids nucleics basats en electroforesi capil·lar.

Les aplicacions que ofereixen són: anàlisi de qualitat/quantitat de gDNA (inclòs el càlcul d'integritat d'ADN (DIN)), fragments d'ADN (entre 150-5000bp) i ARN en formats estàndard i d'alta sensibilitat (inclòs el càlcul d'integritat d'ARN (RIN)).

d) Amplificació d'àcids nucleics

• PCR a temps real, basada en la monitorització de fluorescència emesa durant la reacció d'amplificació en cada cicle simultàniament en totes les mostres. Permet determinar la quantitat d'ADN, ARN o miRNAs presents a la mostra original (qPCR) o identificar qualitativament mostres d'ADN específics (genotipificació).

Les aplicacions principals són: quantificació absoluta/relativa de perfils d'expressió gènica diferencial; estudis de discriminació al·lèlica (SNPs); anàlisi de perfils de metil·lació gènica en illes CpG; determinació del nombre de còpies gèniques en ADNs genòmics (CNVs) o virals; quantificació de dosi gènica (QFPCR per detecció d'aneuploïdies); High Resolution Melting (HRM) per a gene scanning.

• Droplet digital PCR (ddPCR). És una tecnologia que fragmenta cada mostra en més de 20.000 gotes envoltades individualment d'una capa d'oli dins de les quals té lloc la reacció en cadena de la polimerasa. Es pot dur a terme amb l'ús d'intercal·lants de doble cadena o sondes amb marcatge fluorescent i proporciona una quantificació d'àcids nucleics absoluta i ultrasensible. És particularment útil per quantificar fragments gènics de baixa abundància, variants al·lèliques (SNP), virus i bacteris poc representats en una barreja heterogènia, etc.

Serveis complementaris

• Quantificació fluorimètrica mitjançant un Quantus™ Fluorometer (Promega). És un fluorímetre de dos canals optimitzat per mesurar àcids nucleics (RNA i DNA) pre i post generació de llibreries per a seqüenciació NGS.
• Dispensació robotitzada de líquids mitjançant una estació EpMotion 5070 (Eppendorf). Pot preparar dilucions seriades, assajos de PCR, transferència de mostres de tubs a placa (96w i 384w), reformatejat de plaques, etc.

També s'ofereix assessorament en el disseny experimental, preparació de mostres, anàlisi de resultats i interpretació global de dades.