Genómica de Alto Contenido y Bioinformática
La unidad tiene varias estaciones de trabajo dedicadas al análisis de datos y utiliza los recursos de computación de altas prestaciones localizados en el centro de procesamiento de datos del IGTP. Aparte de disponer de infraestructura de laboratorio para poder realizar el control de calidad y procesado de muestras para ensayos de análisis genómico de alto contenido, la unidad está coordinada con otras unidades centralizadas de servicios científicotécnicos de genómica como el CRG-CNAG.
Manipulación robótica de líquidos
Robot de manejo de líquidos Sciclone NGS (PerkinElmer)
Robot que dispone de cabezal de 96 puntas desechables y pinza para desplazar placas. Preprogramado con protocolos para ejecución automática de aplicaciones de biología molecular, especialmente para secuenciación de nueva generación (NGS). Permite manejar hasta 96 muestras simultáneamente. Útil para preparación y cuantificación de genotecas NGS, y para disposición de reacciones de qPCR en placa de 384 micropocillos.
Robot de manejo de líquidos Evo-150 (Tecan)
El robot está equipado con 8 puntas fijas y preparado para procesado automático de muestras para ensayos Infinium de Illumina. Permite manejar hasta 384 muestras en paralelo.
Cuantificación y corte de ácidos nucleicos
Qubit (Thermofisher)
Fluorímetro de tubo individual. Utilizado para cuantificación precisa de ácidos nucleicos a partir de 1-20 µl de muestra. Discrimina entre ADN de cadena sencilla y doble, y ARN.
Computación para análisis bioinformático de datos
Estaciones de trabajo HP xw8600, xw4600, Z600, Z440 (Hewlet Packard)
Estaciones de trabajo de altas prestaciones con sistema operativo Linux. Utilizadas para cálculo local o mediante acceso remoto a sistemas de nodos de cálculo y almacenado centralizados en el centro de procesado de datos computacionales del IGTP (HPC) para análisis bioinformático de datos genómicos generados por arrays o NGS.
Dell Precision T7500 (Dell)
Servidor informático de alto rendimiento con sistema operativo Linux para soportar datos de secuenciación de nueva generación y otros análisis de datos con uso intensivo de memoria.
Análisis y selección por tamaño automatizada de ácidos nucleicos
Bioanalyzer 2100 (Agilent)
Sistema de nanoelectroforesis capilar automatizada con chips microfluídicos 'lab-on-a-chip'. Utilizado para análisis de integridad y determinación de tamaño de ADN y ARN. Permite la determinación de perfiles de tamaño de 11-12 muestras por operación.
Pippin Prep (SAGE)
Sistema de electroforesis y elución automatizada. Utilizado para selección por tamaño de genotecas de ADN en aplicaciones de NGS. Permite la separación de hasta 4 pooles de genotecas por operación y la elución de fracciones de tamaños predeterminados con condiciones independientes para cada pool.