Genòmica translacional

Servei d'anàlisi genètica

L'equipament de la Plataforma de Genòmica permet l'estudi genètic d'organisme/s en base a diverses aproximacions tècniques:

a) Aproximacions basades en Deep Sequencing (NGS)

Mitjançant l'ús d'un seqüenciador d'última generació MiSeq® Personal Sequencer. Es tracta d'una tècnica que permet la seqüenciació qualitativa (determinació de bases en una seqüència) i quantitativa (recompte de nombre de seqüències) simultàniament en diverses mostres. Es pot aplicar a ADN genòmic (whole genome i exòmica), fragments enriquits de ADN, genomes senzills sencers (small genomes), perfils metagenòmics (16S o altres), ARN (transcriptòmica, ARN profiling), small RNAs/miRNAs, cromatina immunoprecipitada (Chip-Seq), etc. En funció de la informació desitjada, la mostra requereix una preparació inicial específica.

b) Aproximacions basades en electroforesi capil·lar i fluorimetria

Actualment es consideren les tècniques gold standard del diagnòstic genètic quan es vol analitzar regions concretes del genoma. A la nostra plataforma es realitzen mitjançant l'ús dels analitzadors genètics ABI 3130 i ABI 3130xl (Applied Biosystems) que permeten tant la seqüenciació basada en el mètode Sanger, com l'anàlisi de fragments gènics (genescan). Les aplicacions més habituals són: seqüenciació de novo de DNA; detecció de mutacions; estudis de discriminació al·lèlica (SNPs); anàlisi de perfils de metil·lació gènica en illes CpG d'ADN genòmic (MSP); anàlisi del nombre variable de còpies gèniques (CNVs); anàlisi de microsatèl·lits (STRs, VNTRs); PCR mediada per lligació i Multiplex Ligation-dependent Probe Amplification (MLPA).

Per a l'estudi de la qualitat dels àcids nucleics, disposem d'un bioanalitzador 2200 TapeStation (Agilent). És un sistema automatitzat d'anàlisi qualitativa i quantitativa d'àcids nucleics basat en electroforesi capil·lar. Les aplicacions que ofereix són: anàlisi de qualitat/quantitat de gDNA, fragments d’ADN (entre 200-5000bp) i ARN en formats estàndard i d'alta sensibilitat.

La quantificació fluorimètrica la mesurem en un Quantus™ Fluorometer (Promega), que és un fluorímetre de dos canals optimitzat per mesurar àcids nucleics pre i post generació de llibreries per a seqüenciació NGS

c) Aproximacions basades en amplificació d'àcids nucleics

  • PCR a temps real

Basat en la monitorització de fluorescència emesa durant la reacció d'amplificació en cada cicle simultàniament en totes les mostres en un termociclador LC480. Permet determinar la quantitat d'ADN o ARN presents a la mostra original (qPCR) o identificar qualitativament mostres d'ADN específics. Es duu a terme emprant intercal·ladors d’ADN, sondes d'hidròlisi, sondes d'hibridació, sondes LNA i altres modificacions. Les aplicacions principals són: quantificació absoluta/relativa de perfils d'expressió gènica diferencial; estudis de discriminació al·lèlica (SNPs); anàlisi de perfils de metil·lació gènica en illes CpG; determinació del nombre de còpies gèniques en ADNs genòmics (CNVs) o virals; quantificació de dosi gènica (QFPCR per detecció d'aneuploïdies); High Resolution Melting (HRM) per a gene scanning.

  • Amplificació d'àcids nucleics de cèl·lula única

Es duu a terme en un sistema termociclador Amplispeed en format de portaobjectes en el que es dipositen cèl·lules o fragments tisulars (obtinguts a partir de FACS cell sorting o microdissecció). Les principals aplicacions del sistema inclouen: anàlisi genètica de cèl·lula única en poblacions heterogènies; estudi de l'heteroplàsmia de l'ADN mitocondrial; anàlisi de desordres cromosòmics en cossos polars.

Serveis complementaris

Assessorament en el disseny, anàlisi i interpretació de dades.