Presentación
Este grupo de investigación tiene como objetivo identificar los mecanismos y las vías moleculares que impulsan la muerte celular programada y la progresión del cáncer mediante tecnologías genómicas punteras, centrándose principalmente en el cáncer colorrectal. Su investigación también se extiende a otros tipos de cáncer y enfermedades genéticas.
Los intereses actuales del equipo se encuentran en el desarrollo de herramientas técnicas y bioinformáticas que faciliten el tratamiento y la interpretación de datos genómicos y epigenómicos, y que suplan la brecha que existe entre las tecnologías de última generación y las aplicaciones clínicas. A este fin, han desarrollado aplicaciones en Internet y herramientas que facilitan la gestión y el acceso a datos genómicos. Para el estudio de la tumorigénesis colorrectal y los procesos de diferenciación celular se utilizan muestras de personas y modelos in vitro con el fin de crear marcos de referencia y modelos de trabajo que permitan elucidar los mecanismos que controlan la formación de neoplasias malignas.
El grupo de investigación también ha desarrollado nuevos métodos para extraer información genética y epigenética, y ha establecido una spin-off para trasladar estos avances en tecnologías genómicas y epigenómicas a la práctica clínica. Finalmente, el grupo ha desarrollado una técnica para identificar el perfil epigenético del «genoma oscuro» con el fin de determinar las propiedades funcionales de elementos repetidos específicos y su contribución a la regulación del genoma en células de cáncer de colon.
Palabras clave: Cáncer colorrectal, epigenética, biomarcadores, perfil molecular integrador, evolución tumoral.
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Líder/es de grupo
- Miguel Ángel Peinado
Miguel Ángel Peinado
Miguel A. Peinado tiene una licenciatura en Biología (Universidad de Barcelona) y una larga trayectoria de investigación en el Hospital Clínic (tesis de máster, 1985-1986), Hospital de Sant Pau (doctorado, 1986-1989), California Inst. Biol. Res (postdoc, 1990), IRO (contrato de reincorporación, 1992) y como investigador principal en el IRO (1992-2005), IDIBELL (2005-2007), IMPPC (2007-2015) e IGTP (2016-). También ha tenido responsabilidades de gestión como director de Departamento en el IRO, coordinador científico en el IMPPC y subdirector en el IGTP. Actualmente, Peinado es codirector del Programa de Investigación Traslacional en Cáncer (CARE) del IGTP.
MA Peinado ha participado en más de 25 proyectos de investigación y ha publicado más de 140 artículos científicos, incluyendo revistas multidisciplinarias de prestigio como Nature, Science, NEJM y PNAS, y revistas especializadas en los campos de la Genética (Nat Genet, Nucl Acids Res, Genome Res, etc.) y el Cáncer (JNCI, Cancer Res, J Clin Oncol, Cancer Cell, etc.). MA Peinado también ha liderado contratos de investigación con la industria y es coinventor de cinco patentes. Desde 2015, es director científico (CSO) de Aniling, una empresa emergente dedicada a acelerar la transferencia de los avances en Epigenética a la Medicina mediante el desarrollo de tecnologías NGS.
Contacto: mpeinado(ELIMINAR)@igtp.cat
ORCID: 0000-0002-4090-793X
Líneas de investigación
El objetivo principal de este grupo de investigación es la caracterización de los mecanismos moleculares que sustentan los programas celulares y la identificación de marcadores moleculares con aplicación clínica. Los temas específicos que actualmente se están desarrollando en el laboratorio incluyen:
- Arquitectura de la cromatina en la diferenciación celular y el cáncer
- El papel de los elementos repetidos en la estructura y función del genoma
- Investigación clínicamente orientada sobre los cambios epigenéticos implicados en el cáncer humano
Proyectos activos
Enabling personalized colorectal cancer management by coupling unified genetic and epigenetic testing to organoid-based treatment screening (Spot & Hit)
PI: L. Coll
Funding agency: Ministerio de Ciencia e Innovación (MCINN)
Agency code: CPP2021-008602
Duration: 2022 - 2025
Proyecto CPP2021-008602 financiado por:
Proyecto CPP2021-008602 financiado por MCIN/AEI/10.13039/501100011033 y por la Unión Europea NextGenerationEU/ PRTR
Integration of specific and interspersed genetic and epigenetic signals as a multi-tool to type colorectal cancer (GEALUS)
PI: MA Peinado
Funding agency: Ministerio de Ciencia e Innovación (MCINN)
Agency code: PID2021-124315OB-I00
Duration: 2022 - 2025
Development of a tool to classify colorectal cancer and move towards precision medicine
Leading applicant: Sofia España Fernández
Funding agency: AECC
Agency code: CLJUN235191ESPA
Duration: 2024 - 2026
More information
Proyectos anteriores
DEEP-GEUS: a new Artificial Intelligence assisted integrative genomic diagnostics system of Chronic Lymphocytic Leukemia
Funding agency: Centro para el Desarrollo Tecnológico Industrial (CDTI)
Agency code: IDI-20191104
Duration: 2019 - 2023
Germline predisposition to serrated polyposis syndrome: functional charaterization of candidate genes by CRISPR-CAS and organoid modeling
PI: S. Castellví
Funding agency: Fundació Marató de TV3
Agency code: 2019 2020008
Duration: 2021 - 2023
Use of artificial intelligence and systems biology for diagnosis and personalized risk assessment for inherited kidney diseases, focusing on Alport Syndrome
PIs: R Torra, MA Peinado, A Ortiz, M Vallverdú
Funding agency: Fundació Marató de TV3
Agency code: 22/C/2020
Duration: 2021 - 2023
Publicaciones científicas
Publicaciones destacadas
Mallona I, Díez-Villanueva A, Martín B, Peinado MA. Chainy: an universal tool for standardized relative quantification in real-time PCR. Bioinformatics. 2017 May 1;33(9):1411-1413. DOI: 10.1093/bioinformatics/btw839.
Jordà M, Díez-Villanueva A, Mallona I, Martín B, Lois S, Barrera V, Esteller M, Vavouri T, Peinado MA. The epigenetic landscape of Alu repeats delineates the structural and functional genomic architecture of colon cancer cells. Genome Res. 2017 Jan;27(1):118-132. DOI: 10.1101/gr.207522.116.
Barrera V, Peinado MA. Evaluation of single CpG sites as proxies of CpG island methylation states at the genome scale. Nucleic Acids Res. 2012 Dec;40(22):11490-8. DOI: 10.1093/nar/gks928.
Rodriguez J, Muñoz M, Vives L, Frangou CG, Groudine M, Peinado MA. Bivalent domains enforce transcriptional memory of DNA methylated genes in cancer cells. Proc Natl Acad Sci USA. 2008 Dec 16;105(50):19809-14. DOI: 10.1073/pnas.0810133105.
Wang Y, Jorda M, Jones PL, Maleszka R, Ling X, Robertson HM, Mizzen CA, Peinado MA, Robinson GE. Functional CpG methylation system in a social insect. Science. 2006 Oct 27;314(5799):645-7. DOI: 10.1126/science.1135213.
Rodriguez J, Frigola J, Vendrell E, Risques RA, Fraga MF, Morales C, Moreno V, Esteller M, Capellà G, Ribas M, Peinado MA. Chromosomal instability correlates with genome-wide DNA demethylation in human primary colorectal cancers. Cancer Res. 2006 Sep 1;66(17):8462-9468. DOI: 10.1158/0008-5472.CAN-06-0293.
Frigola J, Song J, Stirzaker C, Hinshelwood RA, Peinado MA, Clark SJ. Epigenetic remodeling in colorectal cancer results in coordinate gene suppression across an entire chromosome band. Nat Genet. 2006 May;38(5):540-9. DOI: 10.1038/ng1781.
Risques RA, Moreno V, Ribas M, Marcuello E, Capellà G, Peinado MA. Genetic pathways and genome-wide determinants of clinical outcome in colorectal cancer. Cancer Res. 2003 Nov 1;63(21):7206-14. PMID: 14612515.
González-García I, Moreno V, Navarro M, Martí-Ragué J, Marcuello E, Benasco C, Campos O, Capellà G, Peinado MA. Standardized approach for microsatellite instability detection in colorectal carcinomas. J Natl Cancer Inst. 2000 Apr 5;92(7):544-9. DOI: 10.1093/jnci/92.7.544.
Arribas R, Capellà G, Tórtola S, Masramon L, Grizzle WE, Perucho M, Peinado MA. Assessment of genomic damage in colorectal cancer by DNA fingerprinting: prognostic applications. J Clin Oncol. 1997 Oct;15(10):3230-40. DOI: 10.1200/JCO.1997.15.10.3230.
Noticias
La investigación en cáncer es la protagonista de un nuevo episodio del pódcast 'Un bri de ciència'
Coincidiendo con el Día Mundial contra el Cáncer, el pódcast del IGTP dedica su octavo episodio a la investigación en este conjunto de enfermedades, centrándose en el programa CARE, una iniciativa que integra a profesionales de la salud del Campus Can Ruti para compartir conocimientos y herramientas.
Programa Translacional de Investigación en Cáncer II Workshop: un hub para la investigación y la colaboración
El segundo Workshop CARE, celebrado los días 9 y 10 de octubre, reunió a más de 70 investigadores de la comunidad de investigación en cáncer del Campus Biomédico de Can Ruti durante dos días de intercambio científico. El evento sirvió como plataforma para compartir las investigaciones sobre cáncer que se están desarrollando en el Campus y para fomentar conexiones más estrechas entre los investigadores.
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