Genómica traslacional

ABI Prism 3130/3130xl Genetic Analyzers (Applied Biosystems),

Secuenciadores de 4 y 16 capilares, para placas de 96w y 384w; unidad de detección con cámara CCD y láser multilínea argón-ion, con líneas de excitación primaria a 488 y 514.5 nm. Software de adquisición Data Collection v3.1 y programas de análisis Sequencing Analysis v5.4, GeneMapper v4.1 y SeqScape 2.7.

MiSeq® Personal Sequencer (Illumina),

Equipos de secuenciación masiva que pueden generar hasta 20 Gb por run, 30M de reads y lecturas de hasta 2 x 300bp en un máximo de 384 muestras indexadas. Utilizan la tecnología de secuenciación por síntesis (SBS, Sequencing By Synthesis) que integra la amplificación, secuenciación y análisis de datos en un único instrumento mediante los softwares MCS v2.4 (MiSeq Control Software), MSR v1.8 (MiSeq Reporter) y almacenamiento de datos en la nube (BaseSpace).

2200 TapeStation® (Agilent).

Es un sistema automatizado de electroforesis que analiza los ácidos nucleicos (gDNA, fragmentos o librerías de DNA o RNA) o las proteínas, en un soporte capilar (ScreenTape) y escanea las imágenes. Permite a) el cálculo del tamaño de los ácidos nucleicos (en bp) y de las proteínas en kDa, b) la cuantificación y c) el análisis de calidad mediante el software de análisis GeneTools que proporciona un sistema integrado de comparación de bandas. El sistema utiliza un volumen de muestra muy pequeño (1-2ul) y las lecturas se pueden llevar a cabo en tubos individuales o en placa de 96w.

qPCR a temps real LightCycler®480 (Roche Diagnostics),

Para formatos de placa intercambiables de 96w y 384w. Excitación con lámpara de xenón, que emite longitudes de onda entre 430-630 nm; filtros con excitación 440, 465, 498, 533 y 618 nm y emisión 488, 510, 580, 610, 640 y 660 nm que permiten la detección de fluorescencia para los fluorocromos de uso más habitual (FAM, NED, ROX, SYBR, Tamra y VIC). Programa LightCycler® 480 para adquisición y análisis y LightCycler® Probe Design Software 2.0.1.Per formats de placa intercanviables de 96w i 384w. Excitació amb làmpada de xenó, que emet longituds d'ona entre 430-630 nm; filtres amb excitació 440, 465, 498, 533 i 618 nm i emissió 488, 510, 580, 610, 640 i 660 nm que permeten la detecció de fluorescència per als fluorocroms d'ús més habitual (FAM, NED, ROX, SYBR, TAMRA i VIC). Programa LightCycler® 480 per adquisició i anàlisi i LightCycler® Probe Design Software 2.0.1.

Sistema Ampligrid/Amplispeed (Beckman Coulter Biomedical GmbH),

Es una plataforma de amlificación por célula única, muestras de ácidos nucleicos con bajo número de copias, etc, que se lleva a cabo en un portaobjetos de vidrio (donde se pueden depositar hasta 48 muestras diferentes) en un volumen final máximo de 1 ul. El sistema de amplificación permite la lectura de resultados en microscopio o en un scanner de fluorescencia para portaobjetos. Las muestras pueden ser depositadas por aproximaciones basadas en citometría de flujo, micromanipulación y microdisección láser y las aplicaciones principales son: análisis genético de tumor (stems cells) heterogéneos o circulantes; PCR, rt-PCR o rt-qPCR; pre-amplificación