Genómica traslacional

Equips

MiSeq® Personal Sequencer (Illumina),

Es tracta de dos equips de seqüenciació massiva que generen fins a 20 Gb per run, 30M de reads i lectures de fins a 2 x 300bp en un màxim de 384 mostres indexades. El sistema utilitza la tecnologia de seqüenciació per síntesi (SBS, Sequencing By Synthesis) i que integra l'amplificació, seqüenciació i anàlisi de dades en un únic instrument mitjançant els softwares MCS v2.4 (MiSeq Control Software), MSR v1.8 (MiSeq Reporter) i emmagatzematge de dades en núvol (BaseSpace).

ABI Prism 3130/3130xl Genetic Analyzers (Applied Biosystems),

Seqüenciadors de 4 i 16 capil·lars, per plaques de 96w i 384w; unitat de detecció amb càmera CCD i làser multilínia argó-ió, amb línies d'excitació primària a 488 i 514.5 nm. Software d'adquisició Data Collection v3.1 i programes d'anàlisi Sequencing Analysis v5.4, GeneMapper v4.1 i SeqScape 2.7.

qPCR a temps real LightCycler®480 (Roche Diagnostics),

Per formats de placa intercanviables de 96w i 384w. Excitació amb làmpada de xenó, que emet longituds d'ona entre 430-630 nm; filtres amb excitació 440, 465, 498, 533 i 618 nm i emissió 488, 510, 580, 610, 640 i 660 nm que permeten la detecció de fluorescència per als fluorocroms d'ús més habitual (FAM, NED, ROX, SYBR, TAMRA i VIC). Programa LightCycler® 480 per adquisició i anàlisi i LightCycler® Probe Design Software 2.0.1.

2200 TapeStation® (Agilent).

És un sistema automatitzat d'electroforesi que analitza els àcids nucleics (gDNA, fragments o llibreries de DNA o RNA) o les proteïnes, en un suport capil·lar (ScreenTape) i escaneja les imatges. Permet a) el càlcul de la mida dels àcids nucleics (en bp) i de les proteïnes en kDa, b) la quantificació i c) l'anàlisi de qualitat mitjançant el software d'anàlisi GeneTools que proporciona un sistema integrat de comparació de bandes. El sistema utilitza un volum de mostra molt petit (1-2µL) i les lectures es poden dur a terme en tubs individuals o en placa de 96w.

Sistema Ampligrid/Amplispeed (Beckman Coulter Biomedical GmbH),

És una plataforma d'amplificació per cèl·lula única, mostres d'àcids nucleics amb baix nombre de còpies, etc, que es duu a terme en un portaobjectes de vidre (on es poden dipositar fins a 48 mostres diferents) en un volum final màxim d'1 µl. El sistema d'amplificació permet la lectura de resultats en microscopi o en un scànner de fluorescència per a porta-objectes. Les mostres poden ser dipositades per aproximacions basades en citometria de flux, micromanipulació i microdissecció làser i les aplicacions principals són: anàlisi genètica de tumor (stems cells) heterogenis o circul·lants; PCR, rt-PCR o rt-qPCR; pre-amplificació de cèl·lula única per a expressió d'RNAm; amplificació prèvia a seqüenciació; estudis d'heteroplàsmia mitocondrial; identificació per anàlisi forense.