Els projectes de seqüenciació de genomes van suposar el coneixement d'un gran volum de dades i la possibilitat d'analitzar tots els gens d'un organisme o sistema. La tècnica dels microarrays sorgeixen de la necessitat d'analitzar una gran quantitat de informació d'una manera efectiva i ràpida.

En funció de la matriu que contingui el microarray es podran fer determinacions del DNA, RNA o de proteïnes i per tant tindrà diferents aplicacions:

- Anàlisi de les variacions del DNA com la determinació de la presencia de polimorfismes, de variacions en el número de còpies dels gen, en l'estat de metilació del gens mitjançant SNP microarrays, CGH microarrays i microarrays de metilació respectivament.

- Anàlisi de l'expressió gènica mitjançant els microarrays d'expressió de genoma sencer o de un grup de gens implicats en determinats processos.

- Anàlisi de factors de transcripció per microarrays Chip-on-chip.

- Anàlisi del proteoma i quantificació de proteïnes en format array.

- Arrays a la carta.

Diverses cases comercials disposen d'aquests tipus d'arrays compatibles amb la tecnologia de la Unitat : Agilent, Perkin Elmer, Phalanx Biotechnologies, Applied Codelink, Microarray Inc, Array it, Nimblegen, CapitolBio, etc