El seu sistema d'autofocus combinat amb una detecció confocal, gràcies a dos fotomultiplicadors digitals ràpids i molt sensibles, i amb una alta precissió en la filtració òptica, confereix a aquest escàner una excelent representació fotomètrica especialment en la seva sensibilitat i en el ratio senyal/background.

Es possible escanejar un array sencer amb una resolució de 10 µm/píxel, en les dos longituds d'ona simultaneament, en 3,5 minuts. La mida dels píxels es pot ajustar de 3 a 40 µm i per tant es poden escanejar microarrays amb spots d'entre 30 a 200 µm.

InnoScan 700 està equipat amb un intuitiu software, Mapix, molt fácil d'utilitzar i que permet l'adquisició i l'anàlisi de la imatge així com l'exportació de les dades per l'anàlisi del resultants mitjançant softwares specifics en funció del tipus i fabricant de l'array.