Genómica traslacional

Servicio de análisis genético

El equipamiento de la Plataforma de Genómica Translacional permite el estudio genético de organismo/s en base a varias aproximaciones técnicas.

a) Aproximaciones basadas en Deep Sequencing (NGS)

Lo llevamos a cabo mediante el uso de secuenciadores de última generación MiSeq® Personal Sequencer (Illumina). La NGS es una técnica que permite la secuenciación cualitativa (determinación de bases en una secuencia) y cuantitativa (recuento de número de secuencias) simultáneamente en varias muestras. Se puede aplicar a DNA genómico (whole genome y exómica), fragmentos enriquecidos de ADN, genomas sencillos enteros (small genomas), perfiles metagenómica (16S, ITs y otros), RNA (transcriptómica, RNA profiling), small RNAs / miRNAs, etc. En función de la información deseada, la muestra requiere una preparación inicial específica.

b) Aproximaciones basadas en electroforesis capilar y fluorimetría

Actualmente se consideran las técnicas gold standard del diagnóstico genético cuando se pretende analizar regiones concretas del genoma. En nuestra Plataforma se realizan mediante el uso de los analizadores genéticos ABI 3130 y ABI 3130xl (Applied Biosystems) que permiten tanto la secuenciación basada en el método Sanger, como el análisis de fragmentos génicos (GeneScan). Las aplicaciones más habituales son: secuenciación de novo de DNA; detección de mutaciones; estudios de discriminación alélica (SNPs); análisis de perfiles de metilación génica en islas CpG de ADN genómico (MSP); análisis del número variable de copias génicas (CNVs); análisis de microsatélites (STRs, VNTR); PCR mediada por ligación y Multiplex Ligation-dependent Probe Amplification (MLPA).

Adicionalmente disponemos de un bioanalizador 2200 TapeStation (Agilent). Es un sistema automatizado de análisis cualitativo y cuantitativo de ácidos nucleicos basado en electroforesis capilar. Las aplicaciones que ofrece son: análisis de calidad / cantidad de gDNA, fragmentos (entre 200-5000bp) de DNA y RNA en formatos estándar y de alta sensibilidad.

La cuantificación fluorimétrica se mide en un Quantus™ Fluorometer (Promega), que es un fluorímetro de dos canales optimizado para la medida de lecturas de ácidos nucleicos pre- y post-generación de librerías para secuenciación NGS.

c) Aproximaciones basadas en amplificación de ácidos nucleicos

Basado en la monitorización de fluorescencia emitida durante la reacción de amplificación en cada ciclo simultáneamente en todas las muestras en un termociclador LC480 (Roche). Permite determinar la cantidad de ADN o ARN presentes en la muestra original (qPCR) o identificar cualitativamente muestras de ADN específicos. Se lleva a cabo empleando intercaladores de DNA, sondas de hidrólisis, sondas de hibridación, sondas LNA y otras modificaciones. Las aplicaciones principales son: cuantificación absoluta / relativa de perfiles de expresión génica diferencial; estudios de discriminación alélica (SNPs); análisis de perfiles de metilación génica en islas CpG; determinación del número de copias génicas en DNAs genómicos (CNVs) o virales; cuantificación de dosis génica (QFPCR para detección de aneuploidías); High Resolution Melting (HRM) para gene scanning.

Amplificación de ácidos nucleicos de célula únicaSe lleva a cabo en un sistema termociclador Amplispeed (Beckman Coulter) con formato de portaobjetos (Ampligrid) en el que se depositan células o fragmentos tisulares (obtenidos a partir de FACS cell sorting o microdisección). Las principales aplicaciones del sistema incluyen: análisis genético de célula única en poblaciones heterogéneas; estudio de Heteroplasmia del ADN mitocondrial; análisis de desórdenes cromosómicos en cuerpos polares.   FOTO RESULTADOS AMPLIGRID  Servicios complementarios  

Servicios adicionales

Asesoramiento en el diseño, análisis e interpretación de datos.