Genómica traslacional

Servicio de análisis genético

Llevamos a cabo el estudio genético de organismo/s en base a diversas aproximaciones técnicas:

a) Deep Sequencing (NGS)

Se trata de la preparación de librerías y posterior secuenciación de alto rendimiento de una región genómica de interés. La posibilidad de realizar muchas lecturas permite detectar tipos clonales raros, células o microbios que representan tan sólo el 1% de la muestra original, etc. La preparación de las librerías se lleva a cabo mediante diversas aproximaciones cuya finalidad es obtener fragmentos del tamaño adecuado a los que se han añadido códigos de barras (identificadores de cada muestra) y los adaptadores necesarios para ser leídos.

Aplicaciones. La tecnología se puede aplicar a: a) ADN genómico (whole genome y exómica), b) fragmentos enriquecidos de ADN, c) genomas sencillos enteros (small genomas), d) perfiles metagenómicos (16S u otros), e) ARN ( transcriptómica, ARN profiling), f) small RNAs/miRNAs, g) cromatina inmunoprecipitada (Chip-Seq), etc.

La secuenciación se lleva a cabo con dos secuenciadores MiSeq® Personal Sequencer (Illumina), un equipo NextSeq-1000 (Illumina) y un secuenciador MinION (Oxford Nanopore).

b) Electroforesis capilar por secuenciación

Son las técnicas gold standard del diagnóstico genético cuando se quierenanalizar regiones concretas del genoma. Permiten tanto la secuenciación basada en el método Sanger, como el análisis de fragmentos génicos (genescan).

Las aplicaciones más habituales son: secuenciación de novo de DNA; detección de mutaciones; estudios de discriminación alélica (SNPs); análisis de perfiles de metilación génica en islas CpG de ADN genómico (MSP); análisis del número variable de copias génicas (CNVs); análisis de microsatélites (STRs, VNTRs); PCR mediada por ligación y Multiplex Ligation-dependent Probe Amplification (MLPA).

Se realizan mediante el uso de los analizadores genéticos ABI 3130 y ABI 3130xl (Applied Biosystems).

c) Electroforesis capilar por análisis de calidad de ácidos nucleicos

Para el estudio de la calidad de los ácidos nucleicos, disponemos de un bioanalizador 2200 TapeStation (Agilent) y de un QIAxcel Advanced System (Izasa). Ambos son sistemas automatizados de análisis cualitativo y cuantitativo de ácidos nucleicos basados en electroforesis capilar.

Las aplicaciones que ofrecen son: análisis de calidad/cantidad de gDNA (incluido el cálculo de integridad de ADN (DIN)), fragmentos de ADN (entre 150-5000bp) y ARN en formatos estándar y de alta sensibilidad (incluido el cálculo de integridad de ARN (RIN)).

d) Amplificación de ácidos nucleicos

  • PCR en tiempo real, basada en la monitorización de fluorescencia emitida durante la reacción de amplificación en cada ciclo simultáneamente en todas las muestras. Permite determinar la cantidad de ADN, ARN o miRNAs presentes en la muestra original (qPCR) o identificar cualitativamente muestras de ADN específicos (genotipificación).

Las principales aplicaciones son: cuantificación absoluta/relativa de perfiles de expresión génica diferencial; estudios de discriminación alélica (SNPs); análisis de perfiles de metilación génica en islas CpG; determinación del número de copias génicas en ADNs genómicos (CNVs) o virales; cuantificación de dosis génica (QFPCR por detección de aneuploidías); High Resolution Melting (HRM) para gene scanning.

  • Droplet digital PCR (ddPCR). Es una tecnología que fragmenta cada muestra en más de 20.000 gotas envueltas individualmente de una capa de aceite dentro de las cuales tiene lugar la reacción en cadena de la polimerasa. Puede llevarse a cabo con el uso de intercalantes de doble cadena o sondas con marcado fluorescente y proporciona una cuantificación de ácidos nucleicos absoluta y ultrasensible. Es particularmente útil para cuantificar fragmentos génicos de baja abundancia, variantes alélicas (SNP), virus y bacterias poco representadas en una mezcla heterogénea, etc.

Servicios complementarios

  • Cuantificación fluorimétrica mediante un Quantus™ Fluorometer (Promega). Es un fluorímetro de dos canales optimizado para medir ácidos nucleicos (RNA y ADN) pre y post generación de librerías para secuenciación NGS.
  • Dispensación robotizada de líquidos mediante estación EpMotion 5070 (Eppendorf). Puede preparar diluciones seriadas, ensayos de PCR, transferencia de muestras de tubos a placa (96w y 384w), reformateado de placas, etc.

También se ofrece asesoramiento en el diseño experimental, preparación de muestras, análisis de resultados e interpretación global de datos.