Genómica traslacional

Servicios Genómica

Servei d'anàlisi genètica

L'equipament de la Plataforma de Genòmica Translacional permet l'estudi genètic d'organisme/s en base a diverses aproximacions tècniques.

a) Aproximacions basades en Deep Sequencing (NGS)

Ho duem a terme mitjançant l'ús de seqüenciadors d'última generació MiSeq® Personal Sequencer (Illumina). La NGS es tracta d'una tècnica que permet la seqüenciació qualitativa (determinació de bases en una seqüència) i quantitativa (recompte de nombre de seqüències) simultàniament en diverses mostres. Es pot aplicar a DNA genòmic (whole genome i exòmica), fragments enriquits de DNA, genomes senzills sencers (small genomes), perfils metagenòmics (16S, ITs i altres), RNA (transcriptòmica, RNA profiling), small RNAs/miRNAs, etc. En funció de la informació desitjada, la mostra requereix una preparació inicial específica.

Foto metagenòmica

b) Aproximacions basades en electroforesi capil·lar i fluorimetria

Actualment es consideren les tècniques gold standard del diagnòstic genètic quan es pretén analitzar regions concretes del genoma. A la nostra Plataforma es realitzen mitjançant l'ús dels analitzadors genètics ABI 3130 i ABI 3130xl (Applied Biosystems) que permeten tant la seqüenciació basada en el mètode Sanger, com l'anàlisi de fragments gènics (genescan). Les aplicacions més habituals són: seqüenciació de novo de DNA; detecció de mutacions; estudis de discriminació al·lèlica (SNPs); anàlisi de perfils de metil·lació gènica en illes CpG d'ADN genòmic (MSP); anàlisi del nombre variable de còpies gèniques (CNVs); anàlisi de microsatèl·lits (STRs, VNTRs); PCR mediada per lligació i Multiplex Ligation-dependent Probe Amplification (MLPA).

Per a l'estudi de la qualitat dels àcids nucleics, disposem d'un bioanalitzador 2200 TapeStation (Agilent). És un sistema automatitzat d'anàlisi qualitativa i quantitativa d'àcids nucleics basat en electroforesi capil·lar. Les aplicacions que ofereix són: anàlisi de qualitat/quantitat de gDNA, fragments de DNA (entre 200-5000bp) i RNA en formats estàndard i d'alta sensibilitat.

La quantificació fluorimètrica la mesurem en un Quantus™ Fluorometer (Promega), que és un fluorímetre de dos canals optimitzat per mesurar àcids nucleics pre i post generació de llibreries per a seqüenciació NGS.

Foto  MLPA

c) Aproximacions basades en amplificació d'àcids nucleics

PCR a temps real

Basat en la monitorització de fluorescència emesa durant la reacció d'amplificació en cada cicle simultàniament en totes les mostres en un termociclador LC480 (Roche). Permet determinar la quantitat d'ADN o ARN presents a la mostra original (qPCR) o identificar qualitativament mostres d'ADN específics. Es duu a terme emprant intercal·ladors de DNA, sondes d'hidròlisi, sondes d'hibridació, sondes LNA i altres modificacions. Les aplicacions principals són: quantificació absoluta/relativa de perfils d'expressió gènica diferencial; estudis de discriminació al·lèlica (SNPs); anàlisi de perfils de metil·lació gènica en illes CpG; determinació del nombre de còpies gèniques en DNAs genòmics (CNVs) o virals; quantificació de dosi gènica (QFPCR per detecció d'aneuploïdies); High Resolution Melting (HRM) per a gene scanning.

FOTO RT-PCR

Amplificació d'àcids nucleics de cèl·lula única

Es duu a terme en un sistema termociclador Amplispeed (Beckman Coulter) amb format de portaobjectes (Ampligrid) en el que es dipositen cèl·lules o fragments tisulars (obtinguts a partir de FACS cell sorting o microdissecció). Les principals aplicacions del sistema inclouen: anàlisi genètica de cèl·lula única en poblacions heterogènies; estudi d'heteroplàsmia d'ADN mitocondrial; anàlisi de desordres cromosòmics en cossos polars, etc.

FOTO RESULTATS AMPLIGRID

Serveis complementaris

  • Assessorament en el disseny, anàlisi i interpretació de dades