Genòmica translacional

MiSeq® Personal Sequencer (Illumina)

Equip de seqüenciació massiva que pot generar fins a 20 Gb per ús, 30M de lectures fins a 2x300bp en un màxim de 384 mostres indexades. El sistema utilitza la tecnologia de seqüenciació per síntesi (SBS, Sequencing By Synthesis), que consisteix en l'amplificació, seqüenciació i anàlisi de dades en un únic instrument mitjançant els softwares RTA v1.18.54.0 (Real Time Analysis), MCS v2.6.1.1 (MiSeq Control Software), MSR 2.6.2.3 (MiSeq Reporter) i emmagatzematge de dades en núvol (BaseSpace).

ABI Prism 3130/3130xl Genetic Analyzers (Applied Biosystems)

Seqüenciadors de 4 i 16 capil·lars, per plaques de 96w i 384w; unitat de detecció amb càmera CCD i làser multilínia argó-ió, amb línies d'excitació primària a 488 i 514.5 nm. Software d'adquisició Data Collection v3.1 i programes d'anàlisi Sequencing Analysis v5.4, GeneMapper v4.1 i SeqScape 2.7.

2200 TapeStation® (Agilent)

És un sistema automatitzat d'electroforesi que analitza els àcids nucleics (gDNA, fragments o llibreries d’ADN o ARN) o les proteïnes, en un suport capil·lar (ScreenTape) i escaneja les imatges. Permet el càlcul de la mida dels àcids nucleics (en bp) i de les proteïnes en kDa, la quantificació i l'anàlisi de qualitat mitjançant el software d'anàlisi GeneTools que proporciona un sistema integrat de comparació de bandes simplificat. El sistema utilitza un volum de mostra molt petit (1-2 µL) i les lectures es poden dur a terme en tubs individuals o en placa de 96w.

qPCR a temps real LightCycler®480 (Roche Diagnostics)

Equip per formats de placa intercanviables de 96w i 384w. Excitació amb làmpada de xenó, que emet longituds d'ona entre 430-630 nm; filtres amb excitació 440, 465, 498, 533 i 618 nm i emissió 488, 510, 580, 610, 640 i 660 nm que permeten la detecció de fluorescència per als fluorocroms d'ús més habitual (FAM, NED, ROX, SYBR, TAMRA i VIC). Programa LightCycler® 480 per adquisició i anàlisi i LightCycler® Probe Design Software 2.0. 1.

NextSeqTM-1000

Equip de seqüenciació massiva que pot generar fins a 120 Gb per ús i 400M de lectures en carreres de 2x150 cicles. El sistema utilitza la tecnologia de seqüenciació per síntesi (SBS, Sequencing By Synthesis) propia dels equps Illumina i pot analitzar resultats localment o en connexió remota amb el sistema d'anàlisi secundària DRAGEN Bio-IT FPGA.

Sistema MINion (Oxford Nanopore)

És un equip de seqüenciació massiva basat en l'ús de nanoporus suspesos sobre una membrana que permeten el pas dels àcids nucleics (ADN i ARN nadiu). La identificació de les bases es realitza calculant els canvis de corrent elèctric que es produeixen sobre la membrana. Genera lectures ultra llargues (> 4 Mb) i fins a 50 Gb de dades en carreres de 72 hores a 420 bases / segon.

Les aplicacions adequades inclouen l'estudi de genomes sencers / exomes,

metagenòmica, seqüenciació orientada, transcriptoma sencer (ADNc), transcriptomes més petits (ARN directe), estudis de metilació.

QIAxcel Advanced System

És un sistema automatitzat d'electroforesi capil.lar que separa fragments de DNA i RNA en funció del pes molecular (fins a 96 mostres per carrera). El software d'anàlisi (BioCalculator™ software) genera tant electroferogrames com imatges de gel i pot determinar: a) mida i concentració de fragments de DNA (15bp a 15Kb); b) ratio, concentració i qualitat de RNA total; c) qualitat de cRNA/cDNA i RNA/DNA fragmentat. La preparació de la mostra és senzilla ja que els capil.lars contenen el bromur d'etidi adequat per a la visualització dels fragments.

QX200™ Droplet Digital™ PCR System

El sistema QX200 Droplet Digital PCR (ddPCR) System és una combinació de 3 equips:

  1. El QX200 Droplet Generator divideix les mostres (20 µl) en 20,000 gotes, mitjançant una microfluídica adequada i una emulsió en oli. Pot procesar fins a un màxim de 8 mostres en 5 minuts.
  2. L'amplificació té lloc en un termociclador convencional en suport de placa de 96w utilitzant la química per a EvaGreen o basada en l'ús de sondes d'hidròlisi.
  3. El resultat de l'amplificació es llegeix en un QX200 Droplet Reader. Pot analitzar fins a 96 mostres i disposa d'un sistema de detecció òptica (Multi-pixel photon) de fluorescència en els canals FAM (EvaGreen) i HEX (VIC alternativament).

L'equip té un rang linear de discriminació de fins a 5 ordres de magnitud i una precisió de ±10%.

Estació robotitzada EpMotion 5070

És un sistema robotitzat de dispensació de líquids equipat amb dues eines d'un i 8 canals que dispensen volums entre 1 i 50µl. Pot pipetejar volums de 1-2µl sense i amb contacte. Té una precisió de menys del 2% cv a 1µL. Disposa d'un sensor òptic per a la detecció i càlcul automàtic del volum de líquid, labware i puntes. És .compatible amb tubs (0,2 mL a 50 mL) i microplaques de fins a 384 pous.