Genómica de Alto Contenido y Bioinformática

La unidad tiene varias estaciones de trabajo dedicadas al análisis de datos y utiliza los recursos de computación de altas prestaciones localizados en el centro de procesamiento de datos del IGTP. Aparte de disponer de infraestructura de laboratorio para poder realizar el control de calidad y procesado de muestras para ensayos de análisis genómico de alto contenido, la unidad está coordinada con otras unidades centralizadas de servicios científicotécnicos de genómica como el CRG-CNAG.

Plataforma Automatizada Illumina Infinium

Escáner de arrays HiScan (Illumina)

Usado para genotipar SNPs, medir número de copias y LOH , y determinar perfiles de metilación de ADN.

Escáner de arrays HiScan (Illumina) es un escáner confocal con resolución espacial de 0.375 micras y dos lásers con longitudes de onda de 532 y 660 nm. Permite captar y extraer datos de imágenes de beadarrays para medir la señal fluorescente de sondas de hasta 5.000.000 de posiciones del genoma por muestra de forma simultánea.

Robot de manejo de líquidos Evo-150  (Tecan) está equipado con 8 puntas fijas y preparado para procesado automático de muestras para ensayos Infinium de Illumina. Permite manejar hasta 384 muestras en paralelo.

Manipulación robótica de líquidos

Robot de manejo de líquidos Sciclone NGS (PerkinElmer)

Robot que dispone de cabezal de 96 puntas desechables y  pinza para  desplazar placas.  Preprogramado con protocolos para ejecución automática de aplicaciones de biología molecular, especialmente para secuenciación de nueva generación (NGS). Permite manejar hasta 96 muestras simultáneamente. Útil para preparación y cuantificación de genotecas NGS, y para disposición de reacciones de qPCR en placa de 384 micropocillos.

Cuantificación y corte de ácidos nucleicos

Qubit (Thermofisher)

Flourímetro de tubo individual. Utilizado para cuantificación precisa de ácidos nucleicos a partir de 1-20 µl de muestra. Discrimina entre ADN de cadena sencilla y doble, y ARN.

Ultrasonicador S2 (Covaris)

Procesador mecánico por ultrasonidos basado en acústica enfocada adaptativa.

Utilizado para fragmentación de ADN genómico o de cromatina y extracción de ácidos nucleicos a partir de tejido fijado e incluido en parafina. Permite procesar muestras de una en una.

Computación para análisis bioinformático de datos

Estaciones de trabajo HP xw8600, xw4600, Z600, Z440 (Hewlet Packard)

Estaciones de trabajo de altas prestaciones con sistema operativo Linux. Utilizadas para cálculo local o mediante acceso remoto a sistemas de nodos de cálculo y almacenado centralizados en el centro de procesado de datos computacionales del IGTP (HPC) para análisis bioinformático de datos genómicos generados por arrays o NGS.

Servidor Dell Precision T7500 (Dell) - Ion Torrent Server

Servidor de altas prestaciones con sistema operativo Linux y software Ion Torrent Suite para control de carrera y análisis de datos de NGS Ion Torrent. Permite acceder y visualizar los datos remotamente desde cualquier ordenador de la red.

Análisis y selección por tamaño automatizada de ácidos nucleicos

Bioanalyzer 2100 (Agilent)

Sistema de nanoelectroforesis capilar automatizada con chips microfluídicos 'lab-on-a-chip'. Utilizado para análisis de integridad y determinación de tamaño de ADN y ARN. Permite la determinación de perfiles de tamaño de 11-12 muestras por operación.

Pippin Prep (SAGE)

Sistema de electroforesis y elución automatizada. Utilizado para selección por tamaño de genotecas de ADN en aplicaciones de NGS. Permite la separación de hasta 4 pooles de genotecas por operación y la elución de fracciones de tamaños predeterminados con condiciones independientes para cada pool.

Secuenciación de nueva generación (NGS)

Secuenciador de nueva generación Ion Torrent PGM (Personal Genome Machine, ThermoFisher)

Instrumento para secuenciación masiva en paralelo mediante detección de protones por sensores  microfluídicos sobre microchips. Puede generar hasta 5.000.000 de lecturas de secuencia hasta 400 nt de longitud por carrera de hasta 384 muestras pooleadas de forma simultánea. Utilizado para aplicaciones de secuenciación masiva de ADN y ARN con chips Ion 314, Ion 316 e Ion 318.

Previamente a cada operación de secuenciación con el PGM se realiza una amplificación clonal de las genotecas de secuenciación por PCR en emulsión sobre microesferas utilizando el sistema de PCR en emulsión automatizada Ion Torrent One Touch2 (ThermoFisher). Posteriormente  se procede al enriquecimiento de las microesferas cargadas con substrato de genoteca NGS amplificado por PCR en emulsión utilizando el sistema de manipulación de líquidos Ion Torrent ES (Enrichment System, ThermoFisher).