Genòmica d’Alt Contingut i Bioinformàtica

Equips

Escanejat d’arrays

Escàner d'arrays HiScan (Illumina)

Escàner confocal amb resolució espaial de 0.375 micres i dos làsers amb longituds d'ona de 532 i 660 nm. Permet captar i extreure dades d'imatges de beadarrays per mesurar el senyal fluorescent de sondes fins a 5.000.000  posicions del genoma per mostra de forma simultània. Emprat per a genotipar SNPs, analitzar nombre de còpies i LOH, i per a determinar perfils de metilació del l'ADN  mitjançant assaigs Infinium d'Illumina.

Manipulació robòtica de liquids

Robot de manipulació de líquids Sciclone NGS (PerkinElmer)

Robot que disposa de capçal de 96 puntes d'un sol ús i agafador de plaques. Preprogramat amb protocols per a execució automàtica d'aplicacions de biologia molecular, especialment per a seqüenciació de nova generació (NGS). Permet manejar fins a 96 mostres simultàniament. Emprat per a preparació i quantificació de genoteques NGS,  i per a disposició de reaccions de qPCR en placa de 384 micropouets.

Robot de manipulació de líquids Evo-150 (Tecan)

Robot equipat amb  8 puntes fixes i preparat per a processat automàtic de mostres per a assaigs Infinium d'Illumina. Permet manejar fins a 384 mostres en parallel. Emprat per a genotipar SNPs, analitzar nombre de còpies i LOH, i per a determinar perfils de metilació del l'ADN.

DiUltrasonicador S2 (Covaris)srupció de mostres

Processador mecànic per ultrasons basat en acústica enfocada adaptativa.

Emprat per a fragmentació de DNA genòmic o de cromatina i extracció d'àcids nuclèics a partir de teixit fixat i inclòs en parafina. Permet processar mostres d'una en una.