Genòmica d’Alt Contingut i Bioinformàtica

La unitat té estacions de treball dedicades a l'anàlisi de dades i fa ús dels recursos de computació d'altes prestacions localitzats al centre de processament de dades de l'IGTP. Apart de disposar de infrastructura de laboratori per a poder fer control de qualitat i preparació de mostres per a assaigs  d'anàlisi genòmica d'alt contingut, la unitat està coordinada amb altres grans unitats de serveis cientificotècnics de genòmica com el CRG-CNAG

Plataforma automatitzada Illumina Infinium

Escàner d'arrays HiScan (Illumina)

Escàner confocal amb resolució espaial de 0.375 micres i dos làsers amb longituds d'ona de 532 i 660 nm. Permet captar i extreure dades d'imatges de beadarrays per mesurar el senyal fluorescent de sondes fins a 5.000.000  posicions del genoma per mostra de forma simultània. Emprat per a genotipar SNPs, analitzar nombre de còpies i LOH, i per a determinar perfils de metilació del l'ADN  mitjançant assaigs Infinium d'Illumina.

Manipulació robòtica de liquids

Robot de manipulació de líquids Sciclone NGS (PerkinElmer)

Robot que disposa de capçal de 96 puntes d'un sol ús i agafador de plaques. Preprogramat amb protocols per a execució automàtica d'aplicacions de biologia molecular, especialment per a seqüenciació de nova generació (NGS). Permet manejar fins a 96 mostres simultàniament. Emprat per a preparació i quantificació de genoteques NGS,  i per a disposició de reaccions de qPCR en placa de 384 micropouets.

Robot de manipulació de líquids Evo-150 (Tecan)

Robot equipat amb  8 puntes fixes i preparat per a processat automàtic de mostres per a assaigs Infinium d'Illumina. Permet manejar fins a 384 mostres en parallel. Emprat per a genotipar SNPs, analitzar nombre de còpies i LOH, i per a determinar perfils de metilació del l'ADN.

Quantificació i cisallament de àcids nucléics

Ultrasonicador S2 (Covaris)

Processador mecànic per ultrasons basat en acústica enfocada adaptativa.

Emprat per a fragmentació de DNA genòmic o de cromatina i extracció d'àcids nuclèics a partir de teixit fixat i inclòs en parafina. Permet processar mostres d'una en una.

Computació per a anàlisi bioinformàtica de dades

Estacions de treball HP xw8600, xw4600, Z600, Z440 (Hewlet Packard)

Estacions de treball d'informàtica d'altes prestacions amb sistema operatiu Linux. Emprades per a càlcul local o mitjançant accés remot a sistemes de nodes de càlcul i emmagatzematge centralitzats, per a l'anàlisi bioinformàtica de dades genòmiques generades per arrays o NGS.

Servidor Dell Precision T7500 (Dell) - Ion Torrent Server

Servidor d'altes prestacions amb sistema operatiu Linux i software Ion Torrent Suite per a control de carrera i anàlisi de dades d'NGS amb Ion Torrent. Permet accedir i visualitzar les dades i analitzar-les remotament des de qualsevol altre ordinador en xarxa.

Anàlisi i selecció per mida automatitzada d’àcids nuclèics

Bioanalyzer 2100 (Agilent)

Sistema de nanoelectroforesi automatitzada per xips microfluidic 'lab-on-a-chip'. Emprat per a anàlisi de integritat i determinació de mida d'ADN i ARN. Permet la separació  i determinació de perfils de mida d'11-12 mostres per carrera.

Pippin Prep (SAGE)

Sistema d'electroforesi i elució automatitzada. Emprat per a selecció per mida de genoteques d'ADN en aplicacions d'NGS. Permet la separació de fins a 4 pools de genoteques per carrera  i  l'elució de fraccions de mides predeterminades amb condicions independents per a cada pool.

Seqüenciació de nova generació (NGS

Seqüenciador de nova generació Ion Torrent PGM (Personal Genome Machine, ThermoFisher)

Instrument per a sequenciació massiva en parallel mitjançant detecció de protons per sensors miniaturitzats disposats amb microfluídica sobre microxips. Pot generar fins a 5.000.000 de lectures de seqüència de fins a 400 nt de longitud per carrera de fins a 384 mostres poolejades de forma simultània. Emprat per a aplicacions de seqüenciació d'ADN i ARN en xips Ion 314, Ion 316 i  Ion 318